Nature揭示：IBD肠屏障损伤，哪些肠细胞参与其中？| 热心肠日报
今天是第1027期日报。
Nature：单细胞水平解析结肠上皮细胞多样性和IBD机制
Nature[IF:41.577]
① 用单细胞RNA测序分析健康人结肠上皮细胞多样性，发现肠隐窝内存在吸收细胞和分泌细胞的分化梯度；② 发现隐窝顶部的一种感知pH的新型吸收细胞，表达两种通道蛋白BEST4和OTOP2以及饱腹肽尿鸟苷素，在炎症性肠病（IBD）和结直肠癌中失调；③ 揭示了IBD中不同类型结肠上皮细胞的基因表达异常，鉴定出5种杯状细胞亚型，发现其分泌的抑菌抗蛋白酶分子WFDC2在患者中表达下调；④ 小鼠中，WFDC2维持肠上皮屏障完整性，防止共生菌入侵和粘膜炎症。
Colonic epithelial cell diversity in health and inflammatory bowel disease
02-27, doi: 10.1038/s41586-019-0992-y
【主编评语】在炎症性肠病（IBD）中，肠上皮屏障的破坏是主要特征之一。Nature刚刚发表的一项研究，用单细胞测序技术，分析了健康人和IBD患者的结肠上皮细胞亚型，发现了一种参与维持pH平衡的新吸收细胞类型，并揭示出杯状细胞及其分泌的抑菌抗蛋白酶分子WFDC2，在肠道屏障稳态中的关键作用。这些发现对于深入理解IBD中肠隐窝不同细胞类型的作用，以及相关靶向疗法，很有参考意义。（@李丹宜）
Nature：号外！中国学者发现治疗早期肝细胞癌的新靶标！
Nature[IF:41.577]
① 蛋白质组学信息可将早期肝细胞癌分成S-I、S-II和S-III3个亚型，对应不同的临床结局；② 胆固醇紊乱是S-III亚型的特点，该亚型与高死亡率、术后不良预后相关；③ S-III亚型的固醇O-酰基转移酶1(SOAT1)表达量高，在肝细胞癌细胞中敲除SOAT1后可改变细胞内胆固醇分布，有效抑制癌细胞增生和转移；④ 用SOAT1抑制剂阿伐麦布治疗移植了病人肿瘤的小鼠，可显著减小SOAT1高表达肿瘤的体积；⑤ 利用蛋白质组学对早期肝细胞癌进行分型有助于个性化治疗。
Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma
02-27, doi: 10.1038/s41586-019-0987-8
【主编评语】乙型肝炎病毒感染是我国肝细胞癌的主要诱因。国家蛋白质科学中心和复旦附属中山医院近期联合在Nature上发表研究，利用蛋白组学将早期肝细胞癌进行分型，并发现了可有效抑制高死亡率亚型的治疗靶标和对应药物，对于研究癌症病理、开发个性化治疗手段具有重要参考价值！（@小肠君）
叶表面的微生物组和抗性组提示：不宜生吃芝麻菜
Microbiome[IF:9.133]
① 芝麻菜是一种传统的药用植物，也是西餐中流行生吃的绿叶菜，是一种潜在的食源性疾病传播途径；② 采用宏基因组、扩增子测序和细菌培养技术，全面揭示芝麻菜微生物组的特异性和可食用植物部分的抗生素抗性组；③ 叶际土著细菌群落以肠杆菌科为主，基因组中含有多种耐药基因，包括外排泵和氟喹诺酮、氯霉素、苯尼考、大环内酯、氨基香豆素的抗性基因等；④ 此抗性组多抗药用抗生素，与自然环境中抗性组明显不同，预示着独特的生态学模式。
Enterobacteriaceae dominate the core microbiome and contribute to the resistome of arugula (Eruca sativa Mill.)
01-29, doi: 10.1186/s40168-019-0624-7
【主编评语】本研究发现芝麻菜表面不仅含有很多可能致病的肠杆菌，肠杆菌中还富集了一些非常不受欢迎的抗性基因。貌似以后是不能生吃了。不过小编觉得虽然不能直接生吃，但是炝拌一下放点酱油陈醋也未尝不可吧！（@高春辉）
山东大学：低养分富集培养有助于不可培养细菌的复苏和分离
Microbiome[IF:9.133]
① 使用含丙酮酸钠的低养分培养基富集培养可以从海洋沉积物中分离获得更多的不可培养细菌；② 分析菌群组成、活跃度发现，该培养方法不仅可以富集得到大量的不可培养细菌，还具有促使细菌复苏的作用，实现不可培养细菌的分离和纯培养；③ 富集培养中细菌养分代谢、胁迫响应和种间竞争相关基因差异表达；④ 据估计因复苏而最终被分离得到的细菌可占80%，说明开发新的富集培养方法，建立混合培养分析模型，是探索海洋微生物暗物质重要途径。
Metatranscriptomic and comparative genomic insights into resuscitation mechanisms during enrichment culturing
2018-12-26, doi: 10.1186/s40168-018-0613-2
【主编评语】山东大学杜宗军教授团队通过特殊培养基分离鉴定海洋沉积物中的不可培养微生物，获得巨大成功。（@高春辉）
细菌易位促进HIV感染者产生自身抗体
Microbiome[IF:9.133]
① 流感疫苗可诱导部分HIV感染者产生自身抗体，这些抗体是由活化的“bystander” B细胞（而非抗原特异性B细胞）产生的；② 自身抗体的产生与血浆中菌群易位的增加相关，自身抗体含量高的HIV感染者的B细胞谱发生变化，非特异性免疫激活相关基因上调；③ HIV感染者的血浆葡萄球菌的相对丰度与抗核抗体和抗双链DNA抗体的含量均呈显著正相关；④ 小鼠实验进一步证明，金黄色葡萄球菌的易位可以促进生发中心的B细胞活化，并诱导自身抗体的产生。
Systemic translocation of Staphylococcus drives autoantibody production in HIV disease
02-14, doi: 10.1186/s40168-019-0646-1
【主编评语】Microbiome上的一项最新研究揭示，在部分HIV感染者中，细菌易位可促进B细胞活化，并增加自身抗体的产生。（@沈志勋）
老年HIV感染者的肠道菌群变化
EBioMedicine[IF:6.183]
① 比较14名老年HIV感染者（PLWH）和22名未感染者的粪便菌群、微生物代谢物水平和全身炎症标志物；② HIV和年龄与粪便菌群的显著变化独立相关，PLWH组肠杆菌属和帕拉普氏菌属的丰度较高，伊格尔兹氏菌属和罗斯拜瑞氏菌属较低；③ 年龄相关的菌群变化因HIV感染状况而异，一些可能引起炎症的细菌在PLWH组随年龄增加；④ 两组之间的SCFA水平相似，但单个微生物类群与SCFA水平之间的关联模式不同；⑤ 在PLWH组某些菌属的丰度与炎症标志物正相关。
Among older adults, age-related changes in the stool microbiome differ by HIV-1 serostatus
01-23, doi: 10.1016/j.ebiom.2019.01.033
【主编评语】来自EBioMedicine上的一项最新研究，对比了老年HIV感染者及健康老年人的肠道菌群组成、代谢及炎症标志物的差异。（@沈志勋）
疾控中心徐建国院士团队：PM2.5/PM10影响咽部菌群组成
Frontiers in Microbiology[IF:4.019]
① 收集83名受试者在暴露于200-300μg/m3的PM2.5/PM10前后的咽拭子样本，分析咽部菌群组成的变化；② 咽部的细菌属数量由暴露前的649个增加到暴露后的767个，其中142个菌属仅在暴露后的样本中被检测到；③ 这142个菌属的来源包括土壤、海洋、粪便、污水污泥、淡水、温泉及盐湖；④ 暴露后咽部菌群的α多样性及分类群组成均发生了显著变化；⑤ PM2.5/PM10暴露与吸烟对咽部菌群的影响不同，戴口罩可减少PM2.5/PM10对咽部菌群的影响。
High-level PM2. 5/PM10 exposure is associated with alterations in the human pharyngeal microbiota composition
02-04, doi: 10.3389/fmicb.2019.00054
【主编评语】来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所徐建国院士团队在Frontiers in Microbiology上发表的一项最新研究，发现高PM2.5/PM10可显著改变咽部菌群的组成及多样性，而戴口罩可以减小这种影响。（@沈志勋）
精液菌群及其对精液质量的影响
Frontiers in Microbiology[IF:4.019]
① 使用16S rRNA测序的方法分析了来自于26个人的健康精液和68个人的不健康精液（至少一项精液质量指标异常）；② 精液菌群可分为三类：普氏菌主导、乳酸菌主导和多种微生物共存，其中普氏菌主导的精液菌群中细菌总量显著高于其余两种；③ 网络分析发现了3个共现性菌群模块，其中2个模块包含的物种在阴道菌群中也较为常见，说明男女生殖道菌群存在相似性；④ 尽管乳酸菌主导菌群在健康精液中较常见，但总体上未见菌群与精液质量存在显著关联。
Sperm microbiota and its impact on semen parameters
02-12, doi: 10.3389/fmicb.2019.00234
【主编评语】当前，关于女性生殖道菌群的研究较多，而对男性生殖道菌群的关怀则不够。瑞士和澳大利亚的一个研究团队通过对94个精液样本的分析发现，菌群与精液质量之间好像关系不大。（@高春辉）
感谢本期日报的创作者：李丹宜，小肠君，刘永鑫，吴芹，祁玉丽，女巫，沈志勋，高春辉
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