Cell子刊聚焦：肠道噬菌体知多少？| 热心肠日报
今天是第1019期日报。
Cell子刊：肠道菌群可预测病毒组结构
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 在21对有相似或不同肠道菌群多样性的成人同卵双胞胎中，肠道病毒组具有高度特异的个体差异型；② 噬菌体在肠道病毒组中占优势地位，主要为长尾噬菌体目、微小噬菌体科、短尾病毒科和长尾病毒科；③ 菌群的丰度和多样性与病毒的丰富度和多样性存在对应性，与菌群相似的双胞胎相比，菌群不同的双胞胎有更多不同的病毒，菌群的多样性越高，病毒组亦然；④ 病毒组的多样性模式由噬菌体驱动，而非真核病毒；⑤ 肠道菌群结构可用于预测病毒组结构。
Virome Diversity Correlates with Intestinal Microbiome Diversity in Adult Monozygotic Twins
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.019
【主编评语】人类肠道病毒组具有高度变异性。本研究通过比较同卵成年双胞胎的肠道菌群与病毒组多样性之间的关联，发现尽管病毒组具有高度宿主特异性，其结构和多样性与肠道菌群存在对应关系，并强调了噬菌体在肠道病毒组中的核心作用，值得参考。（@小肠）
Cell子刊：噬菌体可能加重肠道炎症
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 噬菌体处理无菌小鼠可导致肠道内免疫细胞扩增；② 乳酸菌、大肠杆菌和拟杆菌属噬菌体通过TLR9激活IFN-γ，导致的免疫应答反应具有噬菌体、细菌特异性；③ 噬菌体丰度的增加，会通过TLR9和IFN-γ加重结肠炎；④ 粪菌移植产生疗效的溃疡性结肠炎（UC）患者，其肠道噬菌体丰度低于无疗效的患者，粘膜IFN-γ与噬菌体丰度正相关；⑤ 与健康个体相比，UC患者的噬菌体可诱导更多的IFN-γ并加重结肠炎，阻断TLR9/IFN-γ可减轻噬菌体介导的炎症。
Expansion of Bacteriophages Is Linked to Aggravated Intestinal Inflammation and Colitis
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.008
【主编评语】噬菌体是广泛分布于肠道菌群中。Cell Host and Microbe近期发表研究，发现噬菌体可改变哺乳动物粘膜免疫，进而影响健康。本研究有助于阐释人类结肠炎病症程度和治疗有效性，也有助于拓展肠道病毒组研究，值得参考。（@小肠）
Cell子刊：人体肠道噬菌体，我们到底知道多少？（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 人类肠道噬菌体主要来自长尾病毒科、肌病毒科和痘病毒科，噬菌体组的组成可长期保持稳定，但个体差异大；② 宏基因组学研究噬菌体组的最大的缺陷，在于缺乏全面的参考数据库，单病毒基因组学有望广泛用于研究噬菌体组，克服DNA扩增的不均一性；③ 阐释健康及患病个体内宿主-噬菌体互作，需要对噬菌体总量进行绝对定量分析；④ 需建立更多模型来阐释维持宿主-菌群-噬菌体组稳态的生态及进化驱动力，多种方法联合有助于解析肠道病毒组。
Bacteriophages of the Human Gut: The “Known Unknown” of the Microbiome
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.017
【主编评语】肠道噬菌体组信息对研究肠道菌群-宿主互作具有重要意义。本综述总结了目前研究肠道噬菌体组的方法，以及对噬菌体组组成、结构和动态的了解，同时指出了研究瓶颈和未来发展方向，值得参考。（@小肠）
Cell子刊：胃肠道中噬菌体与细菌的相互作用（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 胃肠道中噬菌体-细菌（PBIs）共存是动态和互依的；② PBIs存在共进化现象，PBIs互作网络兼具嵌套和模块化网络特点，PBIs共进化可能受到所在器官、组织位置的影响；③ PBIs间的对抗作用形成复杂的互作网络，影响噬菌体和细菌数量动态变化；④ 噬菌体的活性同时影响自身丰度和细菌行为，在宿主炎症状态下介导细菌间基因转移；⑤ 研究PBIs互作需要考虑宿主因素，建立新实验模型并考虑PBIs互作对药物疗效等其他生物相关过程的影响。
The Battle Within: Interactions of Bacteriophages and Bacteria in the Gastrointestinal Tract
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.018
【主编评语】肠道菌群与人类健康息息相关。本综述系统性总结了近年肠道噬菌体-细菌互作的研究成果，强调了宿主因素对噬菌体-细菌互作的影响。该综述对 阐释肠道菌群中噬菌体-细菌互作机制，发现微生物相关疾病因素有参考价值。（@小肠）
Cell子刊：噬菌体疗法能替代抗生素吗？（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 噬菌体治疗可能引起细菌产生噬菌体耐受性，但同时可能促进细菌丧失致病性或耐药性；② 动物实验中，噬菌体疗法在治疗全身性感染、胃肠道感染、肺部感染中均有成功案例；③ 噬菌体疗法和抗生素联用可加强抗菌治疗效果；④ 人体个案和临床实验中，噬菌体疗法在治疗脓毒症、尿道感染、术后感染、胰腺炎、中耳炎、腹泻和烧伤中取得一定效果。⑤ 噬菌体疗法目前还无法取代抗生素治疗，多噬菌体联合制剂、噬菌体递送方式的优化有待进一步研究。
Phage Therapy: A Renewed Approach to Combat Antibiotic-Resistant Bacteria
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.014
【主编评语】近年来对噬菌体疗法用于细菌感染治疗的关注有所回升。本综述回顾了噬菌体疗法及相关研究的历史，比较了噬菌体疗法与抗生素治疗，并强调了两者联合使用的潜力；同时回顾了近年来噬菌体疗法在动物研究、人体个案和临床研究中取得的进展，并指出其潜在局限性和发展方向，对于全面了解噬菌体疗法具有参考价值。（@小肠）
Cell子刊：细菌如何抵抗噬菌体？（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 细菌通过生物膜、外膜囊泡和受体的掩盖、隐藏、突变等阻止噬菌体吸附；② 锚定在内膜或跨膜的蛋白与宿主PtsG互作，阻止噬菌体DNA注入；③ 限制修饰、CRISPR-Cas系统靶向降解噬菌体核酸，后者具有摧毁和记忆入侵者的功能；④ 革兰氏阳性菌通过噬菌体诱导性染色体岛（PICI）干扰噬菌体装配及繁殖，阴性菌的PICI样式因子（PLEs）起类似作用；⑤ 细菌还利用超感染排斥、pAgos、毒素—抗毒素、BREX、DISARM和Zorya等多系统互补抵御噬菌体入侵。
(Ph)ighting Phages: How Bacteria Resist Their Parasites
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.009
【主编评语】细菌为抵抗噬菌体产生了精密而复杂的机制。本综述总结了细菌抗噬菌体机制研究领域的成果，列举了一系列细菌抵抗噬菌体的机制，对研究细菌-噬菌体互作具有重要参考价值。（@小肠）
噬菌体疗法的优势与局限性（综述）
Advanced Drug Delivery Reviews[IF:13.66]
① 噬菌体具有高度细菌特异性，参与细菌和宿主的动态互作、调节人体免疫，可用于抗癌；② 噬菌体具有高度穿透性，能通过内皮屏障、上皮屏障、肠道粘膜屏障、血脑屏障，通过皮肤、呼吸系统等；③ 探索性研究和少数临床运用中，噬菌体疗法用于脑、皮肤和肺等部位，可提高感染治疗的靶向性和有效性；④ 噬菌体基因组可被修饰，可利用其高穿透性实现基因的靶向传递；⑤ 噬菌体是一把双刃剑，可能通过改变肠道菌群、增加上皮细胞通透性导致炎症反应。
Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications
01-17, doi: 10.1016/j.addr.2019.01.003
【主编评语】噬菌体疗法是潜在的疾病治疗方法。本综述重点探讨了噬菌体在哺乳动物组织中的高度穿透性，以及这一特性在治疗细菌感染、进行免疫调节及基因治疗中的优势，回顾了目前噬菌体疗法的运用以及研究进展，并指出了该疗法的局限性，对开发靶向、高效疾病治疗方法具有参考价值。（@小肠）
病毒组分析，选对软件很关键
Microbiome[IF:9.133]
① 评估了16个宏基因组数据组装软件/方法在病毒组组装中的性能差异；② 评测使用了四种病毒组数据集，分别来自于仿真序列、模拟社区（两个）、感染一个已知噬菌体的群体和人肠道病毒组；③ 在所有16种软件/方法中，SPAdes meta方法在所有数据集中一致性最佳；④ MIRA和VICUNA等软件对不同数据集的分析结果存在不一致性；⑤ 总体上低覆盖度和重复序列的存在不利于组装，而在数据不变的前提下，选对组装软件对下游分析很关键。
Choice of assembly software has a critical impact on virome characterisation
01-28, doi: 10.1186/s40168-019-0626-5
【主编评语】迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。（@高春辉）
感谢本期日报的创作者：米见对，张玲，许世樱，小肠，徐笑，高春辉
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