NEJM大型临床试验：明星益生菌未能改善儿童胃肠炎 | 热心肠日报
今天是第937期日报。
NEJM：两株鼠李糖乳杆菌折戟RCT，益生菌研究任重道远！
New England Journal of Medicine[IF:79.258]
① 将益生菌用于治疗和预防各种急性和慢性腹泻的研究数以千计，但大部分存在样本数有限、试验设计和终点选择不合理等问题，证据等级低下；② 分别在加拿大和美国进行的两项共纳入1857人的研究，不约而同表明含不同鼠李糖乳杆菌菌株的益生菌无助于儿童胃肠炎的治疗；③ 益生菌种类繁多，具有不同的作用机制和肠道定植能力，因此可能有其他菌株对胃肠炎有效；④ 但严谨的临床试验结果是任何益生菌声称潜在功效或有效性的前提，新研究是良好范本。
Probiotics for Children with Gastroenteritis
11-22, doi: 10.1056/NEJMe1814089
【主编评语】这是New England Journal of Medicine [79.258] 针对同期两项益生菌临床研究的评论文章，作者在简要介绍两项研究的核心结果之外，旗帜鲜明地认为众多益生菌临床研究可能存在缺陷，像2项新研究里的设计严谨、数据可靠的临床试验才是益生菌功效或有效性声称的高等级证据。研究很精彩，评论也很有参考价值！（@热心肠先生）
NEJM：LGG无助于儿童急性胃肠炎治疗
New England Journal of Medicine[IF:79.258]
① 在美国10个急诊科，943名3-48月大的儿童在确诊急性胃肠炎后，连续5天(2次/天)摄入10^10 cfu 的鼠李糖乳杆菌GG株(LGG)或安慰剂；② 入组14天内，试验组和安慰剂组中Vesikari评分仍≥9(中重度胃肠炎)的儿童分别占11.8%(55/468)和12.6%(60/475)；③ 两组之间的腹泻(49.7h vs 50.9h)和呕吐(均为0h)中位持续时间、日托缺勤中位天数(均为2天)、家庭传染发生率(10.6% vs 14.1%)均无显著差异；④ 5日疗程的LGG并未带来对急性胃肠炎治疗的额外获益。
Lactobacillus rhamnosus GG versus Placebo for Acute Gastroenteritis in Children
11-22, doi: 10.1056/NEJMoa1802598
【主编评语】这是New England Journal of Medicine [79.258] 刚刚发布的两项重量级益生菌临床随机对照试验结果之一，表明鼠李糖乳杆菌GG株（LGG）无法带来对儿童急性胃肠炎治疗的额外获益。这是关于LGG的超高等级临床研究证据，同样很值得关注其中的实验设计、临床实施和数据分析方法。（@热心肠先生）
NEJM：特定的鼠李糖+瑞士乳杆菌，无助于儿童胃肠炎治疗
New England Journal of Medicine[IF:79.258]
① 在加拿大6个急诊科，886名3-48月大儿童在确诊胃肠炎后，连续5天(2次/天)摄入4X10^9 cfu 的鼠李糖乳杆菌R0011(95%)和瑞士乳杆菌R0052(5%)二联制剂或安慰剂；② 入组14天内，试验组和安慰剂组中仍发生中重度胃肠炎的儿童占比分别为26.1%(108/414)和24.7%(102/413)；③ 两组之间的腹泻(52.5h vs 55.5h)和呕吐(17.7h vs 18.7h)中位持续时间、计划外到医疗机构就医的比例(30.2% vs 26.6%)、报告不良反应的比例(34.8% vs 38.7%)均无显著差异。
Multicenter Trial of a Combination Probiotic for Children with Gastroenteritis
11-22, doi: 10.1056/NEJMoa1802597
【主编评语】这是New England Journal of Medicine [79.258] 刚刚发布的两项重量级益生菌临床随机对照试验结果之一，表明鼠李糖乳杆菌R0011和瑞士乳杆菌R0052二联制剂并无法在14天内预防中重度胃肠炎的持续发生。这是关于益生菌无法有效应对特定适应症的高等级临床研究证据，很值得关注其中的实验设计、临床实施和数据分析方法。（@热心肠先生）
Nature子刊：能生成胆碱的细菌酶，是潜在的代谢疾病靶点
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 食物和人体中胆碱主要以磷脂酰胆碱（PC）等形式存在；② 很多可利用胆碱的肠道菌能将PC转化为游离胆碱，再进一步代谢生成三甲胺（TMA）；③ 从这些细菌中鉴定出参与PC代谢的磷脂酶D（PLD），且这些PLD与致病菌中已知的PLD同源性较低，提示两者可能有不同的演化途径；④ 对来自大肠杆菌菌株的PLD的分析证实，PC是这种酶的偏好底物，细菌需要PLD将PC水解为胆碱；⑤ PLD也存在于一些不可代谢胆碱的肠道菌中，可为胆碱利用菌生成TMA提供底物。
Gut bacterial phospholipase Ds support disease-associated metabolism by generating choline
11-19, doi: 10.1038/s41564-018-0294-4
【主编评语】肠道菌可将胆碱代谢为三甲胺（TMA），进而影响代谢疾病。但食物和人体中的胆碱只有少量是游离的，大部分以磷脂酰胆碱（PC）等形式存在。那么问题来了，菌群生成三甲胺所需的胆碱，是如何从PC转化而来的？除了宿主，菌群是否能“自给自足”直接将PC代谢为胆碱呢？Nature Microbiology上线的最新研究对此进行了验证，并鉴定和分析了其中的关键细菌酶——磷脂酶D，或许是与TMA有关的代谢疾病的潜在药物靶点。（@mildbreeze）
定量分析 16S 扩增子测序研究中的变异和生物量的影响
Microbiome[IF:9.133]
① 量化起始生物量、生物和技术重复对16S扩增子结果的影响有重要意义；② 本研究基于19批测序的469个样本，均采用相同的DNA提取、PCR扩增和文库制备方法；③ 文库样本来自于同一个含有33种细菌的模拟群落或单个供体，分别用来量化批次变异和生物学变异；④ 技术变异(相同样品多批次测序)小于生物学变异(来自同一个体的多个样品)；⑤ 相对丰度越大的种属变异系数越小，而随着稀释倍数增加，生物量越小其变异越大，但与真实结果相比仍比较可信。
Quantification of variation and the impact of biomass in targeted 16S rRNA gene sequencing studies
09-10, doi: 10.1186/s40168-018-0543-z
【主编评语】虽然本研究的结果可以让我们暂时安心，但是这是否忽视了重要的一环：人！不同的实验操作人员，即便照着同样的实验流程操作，对结果是否也会带来显著影响呢？（@gaoch）
北大深圳研究生院刘思彤：宏基因组分析揭示厌氧氨氧化菌的合作伙伴
Environmental Science & Technology[IF:6.653]
① 根据37个宏基因组组装基因组，厌氧氨氧化反应起始阶段的中存在多种潜在交叉互养；② 装甲菌门和变形菌门提供次生代谢产物钼喋呤辅因子和叶酸促进厌氧氨氧化细菌活性和生长；③ 绿弯菌门以厌氧氨氧化细菌生产的部分核苷酸糖为基础合成胞外多糖；④ 绿菌门能够将厌氧氨氧化细菌产生的胞外蛋白降解为氨基酸；⑤ 绿弯菌门具有硝酸盐循环基因，在起始阶段扮演双重角色；⑥ 交叉互养关系反映了共生细菌在废水处理的厌氧氨氧化过程中的重要性。
Genome-centered metagenomics analysis reveals the symbiotic organisms possessing ability to cross-feed with anammox bacteria in anammox consortia
09-10, doi: 10.1021/acs.est.8b02599
【主编评语】北京大学美女研究员刘思彤，2009年毕业于大连理工大学环境科学专业，2012年获北京大学优秀青年人才引进。她从事了15年节能高效水处理生物技术方面的研究，是国内最早做厌氧氨氧化相关研究的科研人员之一。本研究借助宏基因组技术阐释了厌氧氨氧化细菌与其它微生物的互养关系，揭示了共生菌在废水处理中的重要性。（@gaoch）
肠道菌群促进砷的生物转化并降低肝脏毒性
Archives of Toxicology[IF:5.728]
① 小鼠分为4组：正常喂养或使用抗生素破坏肠道菌群，并分别给予高、低剂量砷盐（As）处理，两周后收集尿液、粪便和肝脏样本；② 与正常喂养的小鼠相比，抗生素组尿液中As含量升高，As相关毒性生物标志物（单甲基砷酸/二甲基砷酸）升高，但粪便中As含量降低；③ 体外实验证实肠道菌群可吸收培养基中的As；④ 抗生素组小鼠肝脏活性腺苷甲硫胺酸显著减少，一碳代谢相关基因下调，p53信号通路和肝细胞癌相关基因表达显著改变，提示肝癌风险增加。
Gut microbiome disruption altered the biotransformation and liver toxicity of arsenic in mice
10-24, doi: 10.1007/s00204-018-2332-7
【主编评语】Archives of Toxicology上报道的一项最新研究发现，抗生素破坏小鼠肠道菌群后，抑制了菌群对砷的生物转化，改变了肝脏中的相关代谢通路，增加了砷引起的肝细胞癌的风险。结果提示正常肠道菌群在砷的生物转化中发挥了重要作用。（@沈志勋）
西南民族大学：四川农场中与猪呼吸道疾病相关的病毒
Scientific Reports[IF:4.122]
① 收集26头猪呼吸道疾病综合征（PRDC）仔猪的血清及鼻拭子样本，分别鉴定出16种及9种病毒；② 在血清及鼻拭子样本中均可检测到猪圆环病毒-2（PCV-2）、猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）和伪狂犬病病毒；③ 对比36头PRDC仔猪及38头健康对照仔猪，发现前者样本中的平均病毒种类显著高于后者，PCV-2或PRRSV的单独或共同感染在前者中非常常见；④ 猪细小病毒-2（PPV-2）、PPV-3、PPV-6及猪戊肝病毒-1a与PRDC显著相关。
Viral communities associated with porcine respiratory disease complex in intensive commercial farms in Sichuan province, China
09-06, doi: 10.1038/s41598-018-31554-8
【主编评语】猪呼吸道疾病综合征（PRDC）是一种常见的仔猪疾病，给养猪业造成了巨大的经济损失。来自西南民族大学团队在Scientific Reports上发表的一项最新研究，鉴定了四川省商业农场中与猪呼吸道疾病综合症相关的病毒群落。（@沈志勋）
感谢本期日报的创作者：热心肠先生，mildbreeze，Adam刘永鑫-中科院-宏基因组，熙子，Echo，吴芹
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