少吃特定氨基酸的饮食干预，或能治疗早衰 | 热心肠日报
今天是第858期日报。
Cell子刊：少吃甲硫氨酸延长早衰小鼠寿命
Cell Reports[IF:8.032]
① 甲硫氨酸限制（MR）型饮食可延长两种不同的早衰模型小鼠的寿命；② 在早衰小鼠体内，MR改变了炎症和DNA损伤应答相关信号通路的异常转录；③ 在野生型和早衰小鼠体内，MR改善脂质谱、修复脂质和胆汁酸失调，改变了胆汁酸水平及其分子缀合方式；④ 富含胆汁酸的饮食可改善早衰小鼠健康并延长其寿命；⑤ 体内可能存在与MR延长寿命相关的代谢途径，说明有可能通过饮食干预治疗早衰。
Methionine Restriction Extends Lifespan in Progeroid Mice and Alters Lipid and Bile Acid Metabolism
08-28 DOI: 10.1016/j.celrep.2018.07.089
Cell：肠道中长期驻留的巨噬细胞
Cell[IF:31.398]
① 以CX3CR1为标记进行细胞谱系追踪，在小鼠肠道中鉴定出一群来源于胚胎前体细胞和单核细胞、能长期自我维持的巨噬细胞（gMacs）；② 转录组分析显示，与由单核细胞不断补充替代的“短命”肠道巨噬细胞不同，gMacs有独特的转录组，因其定植的肠道部位而定；③ gMacs对肠神经元和粘膜下血管起支持作用，将其去除会导致黏膜下血管结构形态异常、肠道神经元损失，引起血管渗漏、减少肠道分泌和蠕动；④ gMacs对于维持肠道稳态和生理活动非常重要。
Self-Maintaining Gut Macrophages Are Essential for Intestinal Homeostasis
08-30 DOI: 10.1016/j.cell.2018.07.048
Gut：IBD患者的芽囊原虫携带率较低
Gut[IF:17.016]
① 收集616名健康人及107名IBD患者的粪便样本，分析芽囊原虫及其亚型、宿主相关参数、肠道细菌及古菌的多样性及组成之间的关联；② 30%的健康人肠道内存在芽囊原虫，而IBD患者的这一比例仅为4%；③ 宿主相关因素中，仅有年龄与携带的芽囊原虫亚型相关，而肠道菌群的群落组成则与芽囊原虫亚型有着很强的关联，④ 所有检测到的芽囊原虫亚型的流行率在以拟杆菌属为主的肠型样本中较低，芽囊原虫的亚型3及亚型4与Akk菌负相关。
Population-level analysis of Blastocystis subtype prevalence and variation in the human gut microbiota
08-31 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316106
联合使用培养组学和质谱方法鉴定致病菌
Emerging Infectious Diseases[IF:7.422]
① 培养组学从微生物组中分离出的数百种新细菌，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）产生的谱图也被添加到临床微生物质谱数据库；② 基于2012.1-2018.3间的约35万MALDI-TOF数据，鉴定出744种菌，其中21种得益于培养组学分离后对质谱数据库的更新；③ 这21种细菌来自于105个样本中的100个，占95.2%，另有5个通过16S rDNA测序鉴定；④ 该方法可以鉴定到新的病原体，客观上扩大了人类致病菌库，依赖于培养组学的支持。
From Culturomics to Clinical Microbiology and Forward
08-14 DOI: 10.3201/eid2409.170995
磷灰石碳酸氢盐递送miRNA药物，缓解小鼠结肠炎
Molecular Therapy - Nucleic Acids[IF:5.66]
① 利用磷灰石碳酸氢盐（sCA）纳米颗粒递送microRNA-29（miR-29），以治疗右旋糖酐硫酸酯钠（DSS）诱导的结肠炎小鼠；② 尾静脉注射药物（miR-29a或miR-29b）显著缓解了小鼠的炎症，RNA测序分析显示miR-29a及miR-29b均可抑制干扰素相关的炎症级联反应；③ 皮下注射miR-29b也可抑制炎症，miR-29b可靶向炎症粘膜中的CD11c+树突细胞，抑制后者产生IL-6、TGF-β、IL23，从而抑制Th17细胞的分化及活化；④ sCA帮助miR-29靶向炎症结肠中的树突细胞。
The Supercarbonate Apatite-MicroRNA Complex Inhibits Dextran Sodium Sulfate-Induced Colitis
07-15 DOI: 10.1016/j.omtn.2018.07.007
吸烟、TP53突变、肺部菌群之间的互作影响肺癌发生
Genome Biology[IF:13.214]
① 选取143名肺癌患者及33名健康人，分析16S rRNA细菌测序数据及肺癌RNA测序数据；② 相比于肿瘤组织及肿瘤邻近组织，健康肺部中菌群的α多样性较低；③ 在鳞状细胞癌中，鉴定出一组特定分类群，包括在吸烟者中富集的食酸菌属，其中Acidovorax temporans可在肿瘤组织中利用原位荧光杂交（FISH）检测到；④ 同时，这些特定分类群在带有TP53突变的鳞状细胞癌中丰度较高；⑤ 结果提示，TP53基因突变可能与吸烟互作，改变肺部菌群组成而影响肺癌发生。
Interaction between the microbiome and TP53 in human lung cancer
08-24 DOI: 10.1186/s13059-018-1501-6
唾液菌群或可预测囊性纤维化的疾病进展
Thorax[IF:9.655]
① 纳入104名囊性纤维化（CF）患者，收集唾液菌群，并随访5年以上，分析与终末期肺病早期（eESLD）及肺功能快速下降相关的因素；② 其中17名（16%）进展至eESLD，这些患者的唾液菌群α多样性较低，且假单胞菌属丰度较高，而链球菌属风度较高的群落可能在eESLD中起保护作用；③ 基线时的肺功能及唾液菌群的α多样性可作为eESLD的独立预测因素，同时，较低的唾液菌群α多样性与肺功能快速下降显著相关。
Sputum microbiota is predictive of long-term clinical outcomes in young adults with cystic fibrosis
08-22 DOI: 10.1136/thoraxjnl-2018-211510
山大：用于分析宏基因组中氮循环基因的数据库——NCycDB
Bioinformatics[IF:5.481]
① NCycDB是一个人工校正后的氮循环相关基因数据库，与COG，eggNOG，KEGG和Subsystems等通用数据库相比，收录量更大且更准确；② 共收录了68个基因家族的基因，涵盖了8个氮循环过程，目前共有219146个参考序列，其中鉴定了1958组蛋白质同系物；③ 应用NCycDB分析了52个海洋宏基因组样品中的氮循环基因家族，发现氮循环基因家族的结构和组成与纬度和温度的关系最为密切；④ 表明NCycDB可在分析宏基因组样品中氮循环基因的研究中发挥促进作用。
NCycDB: a curated integrative database for fast and accurate metagenomic profiling of nitrogen cycling genes
08-28 DOI: 10.1093/bioinformatics/bty741
感谢本期日报的创作者：药农，小胖子，沈志勋，gaoch
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