天方夜谭？用“纸片”分析菌群和疾病标志物 | 热心肠日报
今天是第849期日报。
Nature子刊：合成生物学“纸片法”分析菌群和人体疾病标志物
Nature Communications[IF:12.353]
① 开发基于合成生物学技术（分子传感器+体外无细胞转录-翻译系统）的纸制诊断平台；② 选择10种疾病相关细菌，设计Toehold开关传感器（TSS），可对菌种特异的mRNA进行半定量检测；③ 开发针对钙网蛋白和抑癌蛋白M等4个人体生物标志物的TSS，用于分析炎症性肠病患者的粪便样本，并用RT-qPCR进行验证；④ 还可通过检测毒素mRNA水平来诊断艰难梭菌感染，优于标准qPCR法；⑤ 该平台可对菌群样本进行低成本、按需的简单分析，具有潜在临床应用价值。
A low-cost paper-based synthetic biology platform for analyzing gut microbiota and host biomarkers
08-21 DOI: 10.1038/s41467-018-05864-4
鉴定菌群代谢产物的新方法
Chemical Science[IF:9.063]
① 选择性研究肠道菌群及其宿主共代谢物是一项具有挑战的工作，分析方法有限；② 利用硫酸酯酶解结合质谱的方法分析了人粪便和尿液样品中的206种硫酸盐代谢物，此方法检测到的化合物是人代谢组学数据库中的3倍；③ 用合成内标法及质谱碎片法确认了36种未知或常见的菌群衍生的硫酸盐代谢物的化学结构；④ 酶预处理样品结合先进的代谢组学分析技术，是分析微生物衍生物的有效策略，此方法可以适用于其他类型代谢物以及肠道菌群生物标记物的发现。
New enzymatic and mass spectrometric methodology for the selective investigation of gut microbiota-derived metabolites
08-07 DOI: 10.1039/c8sc01502c
肠道菌群的吲哚代谢物可能与食物上瘾相关
PLoS ONE[IF:2.766]
① 纳入63名正常和肥胖受试者，分析肠道菌群代谢产物与大脑奖励网络的功能和连接的关系；② 菌群分解色氨酸产生的吲哚代谢物（吲哚、吲哚乙酸和甲基吲哚）的增多，与受试者大脑中杏仁核、伏隔核和前脑岛等区域的功能和连接增强相关；③ 吲哚和甲基吲哚分别与BMI和食物上瘾评分正相关，吲哚还与焦虑分数负相关，而吲哚乙酸与这3个指标都不相关；④ 肠道菌群衍生的吲哚代谢物，可能作用于大脑的奖赏网络，从而影响食物上瘾和肥胖。
Correlation of tryptophan metabolites with connectivity of extended central reward network in healthy subjects
08-06 DOI: 10.1371/journal.pone.0201772
炎症性肠病中的肠-脑双向互作
Gastroenterology[IF:20.773]
① 对405例炎症性肠病（IBD，克罗恩病或溃疡性结肠炎）患者进行≥2年随访，分析IBD疾病活动情况与患者精神问题间的关联；② 开始时焦虑评分正常但处于IBD疾病活动期的患者，后续发生焦虑的风险增加近5倍；③ 开始时处于IBD疾病静止期但焦虑评分异常的患者，后续IBD复发或需要进一步治疗的风险增加约1倍；④ IBD患者中存在肠-脑间的双向互作，未来的治疗策略应整合管理肠道炎症和心理健康。
Bi-directionality of Brain-Gut Interactions in Patients With Inflammatory Bowel Disease
01-31 DOI: 10.1053/j.gastro.2018.01.027
粪菌移植+抗生素，改善溃疡性结肠炎患者的菌群
Inflammatory Bowel Diseases[IF:4.347]
① 选取27名溃疡性结肠炎（UC）患者进行抗生素+粪菌移植（A-FMT）治疗：口服阿莫西林+磷霉素+甲硝哒唑后进行基于新鲜粪便的FMT，17名患者完成；② 在UC患者的肠道菌群中，拟杆菌门中存在菌种水平的失调，物种多样性下降；③ 在对A-FMT治疗应答的患者中，一轮FMT后拟杆菌门中的物种多样性得到恢复，且拟杆菌门中的物种组成与粪菌的健康供体相似；④ 在进行FMT之前使用抗生素清除失调的内生拟杆菌门物种，或有助于供体的拟杆菌门物种的定殖。
The Microbial Composition of Bacteroidetes Species in Ulcerative Colitis Is Effectively Improved by Combination Therapy With Fecal Microbiota Transplantation and Antibiotics
08-14 DOI: 10.1093/ibd/izy266
母乳病毒组与婴儿肠道病毒组的异同
Frontiers in Microbiology[IF:4.019]
① 纳入10对母亲及婴儿，收集婴儿出生后4-10天内每天的母乳及婴儿粪便样本，分析病毒组组成；② 母乳中的病毒α多样性显著高于婴儿粪便，与细菌群落在2种样本中的差异类似；③ 母乳与婴儿粪便中的病毒组成也有显著差异，婴儿粪便中的长尾噬菌体科丰度较高，母乳中的肌尾噬菌体科丰度较高，可能反映了2种样本中的细菌组成差异；④ 母乳与婴儿粪便中也存在许多相同的病毒，提示母乳病毒向婴儿胃肠道的传播帮助塑造了婴儿的胃肠道菌群。
Shared and distinct features of human milk and infant stool viromes
06-01 DOI: 10.3389/fmicb.2018.01162
南农+枸杞研究中心：黑果枸杞花青素对肠道菌群影响的体外研究
Journal of Functional Foods[IF:3.47]
① 黑果枸杞中的花青素（ACN）在体外模拟消化系统（唾液/胃液/小肠液）中不会被消化；② 但ACN在体外粪菌模拟发酵过程中，可被肠道菌群利用，促进生成乙酸、丙酸和丁酸等短链脂肪酸（SCFA）；③ ACN可以促进放线菌门、双歧杆菌属和阿里松氏菌属增殖，降低厚壁菌门/拟杆菌门比值，抑制普氏菌属、戴阿利斯特杆菌属、巨单胞菌属和梭菌属增殖；④ ACN或许能用来维持肠道健康。
Effects of anthocyanins from the fruit of Lycium ruthenicum Murray on intestinal microbiota
08-01 DOI: 10.1016/j.jff.2018.07.053
Nature Reviews：不可忽视的建筑环境菌群（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 宏基因组/转录组测序、宏蛋白组/代谢组分析、活细胞分析等技术被逐渐应用于建筑环境中的菌群研究；② 对医院、公共交通、农场等建筑环境进行分析，发现这些环境中的细菌多来自于人体皮肤及口腔；③ 人与建筑环境之间主要通过呼吸道及接触进行菌群传播；④ 潮湿的室内环境有利于菌群产生对人体有害的代谢产物；⑤ 可改善建筑环境菌群的方法包括：增加室内外空气交换、饲养宠物、降低湿度、更换建筑材料以抑制菌群传播、利用感应器检测室内菌群。
Microbiology of the built environment
08-20 DOI: 10.1038/s41579-018-0065-5
感谢本期日报的创作者：花开，药农，mildbreeze，沈志勋，兵兵
点击阅读过去10天的日报：
0826 | 多样化的饮食一定健康吗？听听美国心脏学会怎么说
0820 | 夫妻关系紧张？小心细菌内毒素飙升，并促抑郁和肠漏
0819 | 关于吃什么会怎样影响疾病和菌群，8篇干货看到爽
0817 | Cell吹响号角，菌群研究应全面迈向因果和机制
点击阅读原文，查看更多热心肠日报的内容