《自然医学》双发：肠道菌群的地域和种族特性，不容忽视 | 热心肠日报
今天是850期日报。
马文军+周宏伟等：菌群诊断模型不能忽视地域差异
Nature Medicine[IF:32.621]
① 在广东省内随机选取14个地区84个社区，分析7009个受试者的粪便菌群；② 菌群差异与受试者的51项指标显著相关，关联性最强的是居住地区，远超年龄、BMI、血压等指标，③ 用菌群标志物建模诊断代谢疾病时，作为参考的健康菌群特征也具有明显的地域性；④ 基于一个地区数据得出的诊断模型，在该区域内准确性较高，但用于另一个地区时准确性大幅降低；⑤ 建模所用数据的地理尺度越大，诊断模型的准确性越低；⑥ 诊断代谢疾病的菌群模型需注意地域差异。
Regional variation limits applications of healthy gut microbiome reference ranges and disease models
08-27 DOI: 10.1038/s41591-018-0164-x
Nature子刊：人体肠道菌群有明显的种族特性
Nature Medicine[IF:32.621]
① 分析居住于阿姆斯特丹的6个族群、2084名受试者的粪菌，发现种族显著影响个体肠道菌群的多样性和组成；② 摩洛哥人、土耳其人和加纳人以普氏菌属为特征，非洲和南亚的苏里南人以拟杆菌属为特征，荷兰人以梭菌目为特征；③ 肠道菌群的α多样性，荷兰人最高，南亚苏里南人最低，大量OUT存在丰度差异；④ 肠道菌群的种族差异与代谢健康状态无关，一定程度上与种族相关特性（社会人口、生活方式、饮食等）有关；⑤ 菌群研究应考虑个体的种族因素。
Depicting the composition of gut microbiota in a population with varied ethnic origins but shared geography
08-27 DOI: 10.1038/s41591-018-0160-1
Cell子刊：对肠道菌群的IgA应答（综述）
Immunity[IF:19.734]
① 共生菌群表面包被的多为天然产生的多反应性IgA，这些IgA与细菌抗原的亲和力较低，可识别LPS、荚膜多糖、鞭毛蛋白、多糖等，不同细菌分类群表面包被的IgA特征有所差异；② 粘膜致病菌及疫苗可引起高亲和力、T细胞依赖性的IgA应答；③ IgA抗体的功能包括中和细菌毒素、改变细菌的运动性、调节细菌的基因表达、摄取抗原等；④ 母亲的IgA可传播给新生儿后代，IgA包被新生儿菌群并抑制细菌易位，以限制粘膜CD44+效应T细胞、IgA+ 浆细胞等的分化。
IgA Responses to Microbiota
08-21 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.08.011
MR1依赖性T细胞呈递及特定细菌物种可活化MAIT细胞
Mucosal Immunology[IF:7.36]
① 人黏膜相关恒定T（MAIT）细胞的T细胞受体（TCR）可通过MHC-1相关分子MR1识别细菌的核黄素通路代谢产物；② 筛选47个来自不同细菌门的物种，仅有编码了核黄素通路的细菌物种可激活MAIT细胞，多属于拟杆菌门及变形菌门，无法激活MAIT细胞的细菌大多属于放线菌门或厚壁菌门；③ MAIT细胞被细菌活化的程度与细菌分泌的核黄素水平相关；④ 人T细胞亚群也可通过MR1依赖性方式呈递核黄素代谢产物给MAIT细胞，并诱导后者产生IFN-γ、TNF及颗粒酶B。
Tuning of human MAIT cell activation by commensal bacteria species and MR1-dependent T-cell presentation
08-16 DOI: 10.1038/s41385-018-0072-x
上海生科院等：白蚁肠道菌群如何适应食木饮食
ISME Journal[IF:9.52]
① 利用球白蚁肠道宏基因组片段构建质粒文库（5万克隆），功能筛选发现464个克隆具有与食木饮食相关酶（如内/外切葡聚糖酶）的活性；② 对其中173个克隆测序，发现了219个基因编码以纤维素、半纤维素或胶质为底物的碳水化合物活性酶类（CAZyme）；③ 在测序得到的154个重叠群中，68个含有一个以上的CAZyme，35个编码了分解糖的操纵子；④ 表达纯化和生物化学方法鉴定得到了大量纤维二糖代谢酶（如β葡糖苷酶、纤维二糖磷酸化酶等）。
Functional metagenomics reveals abundant polysaccharide-degrading gene clusters and cellobiose utilization pathways within gut microbiota of a wood-feeding higher termite
08-16 DOI: 10.1038/s41396-018-0255-1
菌群测序数据进行准确分类的新方法
Microbiome[IF:9.133]
① IDTAXA基于R，包含在DECIPHER包中，是一个菌群测序数据分类器；② 该分类器综合了系统发生的、基于距离的和机器学习的分类方法，最大的亮点在于更好的避免了过度分类的情形；③ 基于模拟数据集测试，与当前流行的BLAST、MAPSeq、QIIME、SINTAX、SPINGO和RDP等分类器相比，IDTAXA具有更高的准确性；④ 针对人肠道菌群和环境中沉淀物的真实数据，由于IDTAXA避免了RDP分类器存在的过度分类的情形，会导致二者得出有差异的结论。
IDTAXA: a novel approach for accurate taxonomic classification of microbiome sequences
08-09 DOI: 10.1186/s40168-018-0521-5
Nature子刊：分析病毒组的新工具
Nature Communications[IF:12.353]
① VirMAP是一个对宏基因组测序数据中的病毒进行检验和分类的分析工具；② 该工具通过整合DNA和氨基酸多序列比对的信息，在病毒分类时不依赖病毒基因组的测序覆盖度和读长重叠；③ 使用模拟数据集比较VirMAP和其它8种分析工具（如FastViromeExplorer、Kaiju，drVM，VirusTAP和MetaPhlAn2等）的性能发现，VirMAP具有较高的准确性和数据利用率；④ 应用到已发表数据不仅能够得出作者文中的重要结论，还额外发现了新的病毒种类。
Maximal viral information recovery from sequence data using VirMAP
08-10 DOI: 10.1038/s41467-018-05658-8
优化噬菌体组分析流程，解析噬菌体母婴传播
Microbiome[IF:9.133]
① 样本取自分别收集的7组母亲粪便和胎粪样本；② 采用5种不同的病毒DNA提取方法建库测序，发现使用DTT处理粪便样本时所得病毒测序数据含量最高；③ 开发了新的病毒宏基因组学工具METAnnotatorX分析测序数据，该工具不仅可以对短序列进行分类和功能分析，还可以进行噬菌体基因组组装，开放阅读框鉴定和注释等；④ 结合以上实验和分析工具，在7个母婴样本中鉴定得到了母婴共有的病毒基因组；⑤ 研究结果支持了母婴垂直传播的理论。
Tracing mother-infant transmission of bacteriophages by means of a novel analytical tool for shotgun metagenomic datasets: METAnnotatorX
08-20 DOI: 10.1186/s40168-018-0527-z
感谢本期日报的创作者：mildbreeze，沈志勋，gaoch
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