饮食如何在基因上留下烙印？| 热心肠日报
今天是第861期日报。
Nature子刊：饮食影响基因表达
Nature Communications[IF:12.353]
① 饮食及膳食成分可借助表观修饰机制影响基因表达；② 膳食成分可直接作用于表观修饰酶，如葡萄中的两种成分可抑制表观修饰酶活性，通过改变小鼠基因表达增强抗抑郁能力；③ 食品成分可能优先占据组蛋白的表观修饰位点，如常用的食品添加剂苯甲酸钠，其代谢产物很可能参与了组蛋白赖氨酸苯的甲酰化修饰；④ 生命早期的膳食成分可能对基因表观修饰形成长期影响，如母乳脂肪可能影响fgf21基因的去甲基化程度，进而影响成年后的肥胖风险；
Diet and the epigenome
08-28 DOI: 10.1038/s41467-018-05778-1
Cell：高脂饮食破坏系统代谢节律的协调性
Cell[IF:31.398]
① 分析小鼠8个组织（两处大脑组织、骨骼肌、褐色和白色脂肪、肝、血、精子）的24小时代谢组动态变化，绘制节律性代谢图谱；② 鉴定出组织特异的节律性代谢组特征，以及组织内和组织间的代谢物/代谢通路间的若干新关联；③ 正常饮食下，代谢物间存在强时空关联性，反映出多组织器官间的交流和协调的代谢节律，这种全局关联性被高脂饮食破坏并重构；④ 这些发现可作为深入研究系统性代谢网络、挖掘新的代谢疾病标志物和相关机制的新起点。
Atlas of Circadian Metabolism Reveals System-wide Coordination and Communication between Clocks
09-06 DOI: 10.1016/j.cell.2018.08.042
Cell子刊：每天禁食让小鼠健康长寿，吃得多也不怕
Cell Metabolism[IF:20.565]
① 雄性小鼠分为两组吃不同食物，每组又分为三小组：随意吃（AL）、热量限制（CR）、每天一顿但热量与AL相同（MF）；② CR和MF小鼠都学会快速消灭食物，因此每天都有禁食期（CR禁食更长），伴随节律性的代谢特征；③ 不论吃哪种食物，AL与MF小鼠的体重和胰岛素敏感度相似（都不如CR小鼠），但MF和CR均延长小鼠寿命，分别比AL小鼠长11%和28%，并推迟了衰老相关疾病；④ 进食模式对小鼠寿命的影响独立于食物组成，延长每日禁食促进小鼠健康长寿。
Daily Fasting Improves Health and Survival in Male Mice Independent of Diet Composition and Calories
09-06 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.08.011
Cell子刊：膳食成分控制肠道共生菌定植
Cell Reports[IF:8.032]
① 海藻不是小鼠的常规饮食成分，单独食用对肠道菌群影响不显著，草地拟杆菌DSM17135可以特异性地利用海藻；② 短期内，无论是连续性还是间隔性地在饮食中添加1%的海藻，引入的DSM17135菌株可以在小鼠肠道菌群中达到总丰度的1%，甚至会超过10%；③ 饮食干预两个月后，采用间隔性海藻饮食的小鼠体内，DSM17135菌株对海藻仍有响应，而连续食用海藻的小鼠体内，该菌株的丰度不再受海藻影响；④ 食用频率影响正交饮食成分对特定菌群定植的可控性。
Orthogonal Dietary Niche Enables Reversible Engraftment of a Gut Bacterial Commensal
08-14 DOI: 10.1016/j.celrep.2018.07.032
全谷物饮食降低2型糖尿病风险
Journal of Nutrition[IF:4.398]
① 55465名调查参与者的年龄在50-65岁，其中7417人在随访期间被诊断为2型糖尿病；② 每天摄入16克全谷物食物，可将男性和女性的2型糖尿病患病风险分别降低11%和7%；③ 对于男性，纳入研究的所有谷物（小麦、黑麦、燕麦）的摄入量均与2型糖尿病风险降低显著相关；④ 而女性中只有小麦和燕麦摄入量与2型糖尿病风险降低显著相关；⑤ 在不同的全谷物产品中，黑麦面包、全麦面包和燕麦片/木斯里麦片显著降低了男性和女性患2型糖尿病的风险。
Higher Whole-Grain Intake Is Associated with Lower Risk of Type 2 Diabetes among Middle-Aged Men and Women: The Danish Diet, Cancer, and Health Cohort
09-01 DOI: 10.1093/jn/nxy112
抗抑郁药物及心理治疗或可显著缓解IBS（综述）
American Journal of Gastroenterology[IF:10.231]
① 纳入51篇文献报道的53项随机对照试验进行荟萃分析，17项比较了抗抑郁药物与安慰剂对肠易激综合征（IBS）的疗效，35项比较了心理治疗及对照治疗的效果，1项比较了抗抑郁药物+心理治疗与安慰剂；② 相比于安慰剂，抗抑郁药物治疗可显著缓解IBS症状，三环类抗抑郁药与5羟色胺再摄取抑制剂的效果类似；③ 心理治疗也可显著缓解IBS症状，认知行为疗法、放松疗法、多重心理治疗、催眠疗法、动力心理疗法均有效。
Effect of Antidepressants and Psychological Therapies in Irritable Bowel Syndrome: An Updated Systematic Review and Meta-analysis
09-03 DOI: 10.1038/s41395-018-0222-5
清华陈挺+江瑞：用概率模型识别个体菌群
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:4.128]
① 个体菌群识别（PMI）要解决的问题是根据菌群的测量结果判断其是否来自于同一个人；② 作者发现人肠道菌群宏基因组数据中，无参考的长k-mer特征之间的成对相似性服从β分布，其p值恰可以用来评估样本之间相似程度的显著性；③ 将GePMI用于300个人的600个样本，可以准确的将来自于同一个人的菌群数据区分出来；④ 即便在个体进行抗生素治疗或粪菌移植后，其肠道菌群的GePMI特征仍然保持不变；⑤ 通过调整阈值，误报率可以控制在非常低的水平。
GePMI: A statistical model for personal intestinal microbiome identification
09-04 DOI: 10.1038/s41522-018-0065-2
香港理工：MinION纳米孔测序用于研究致病菌抗性质粒的多态性
Journal of Antimicrobial Chemotherapy[IF:5.217]
① IS CR1是介导抗性基因转移的可移动元件，pSa128是沙门氏菌中含有复合I型整合子的IncF接合质粒；② MinION单分子测序发现，发生接合转移后，不论是供体菌还是受体菌，其含有的pSa128T质粒跟原质粒相比更大，都有IS CR1片段的插入；③ pSa128T处于异质状态，单个质粒中的IS CR1插入数量可变，以4个和8个为主，群体中的这些质粒可被认为是非典型的质粒组；④ 研究同时也进行了Illumina和PacBio RSII平台的平行试验，得出了一致的结果。
Resolution of dynamic MDR structures among the plasmidome of Salmonella using MinION single-molecule, long-read sequencing
07-09 DOI: 10.1093/jac/dky243
感谢本期日报的创作者：小肠君，mildbreeze，女巫，沈志勋，gaoch
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