南京农大NBT发文：复合噬菌体防治番茄青枯病取得重大突破（附5000字作者专访）| 热心肠日报
今天是第1303期日报。
在2019年11月14日的《热心肠日报》中，我们报道了美国加州大学圣地亚哥分校 Bernd Schonabl 团队在顶级学术期刊 Nature 上最新发表的研究，提及用噬菌体疗法医治菌群诱发的酒精性肝炎存在可行性（点此阅读）。
从用户的反馈上看，当前噬菌体疗法的应用很受关注，也是目前微生物生态学研究的重要前沿之一。
今天，我们特别报道南京农业大学沈其荣教授领衔的土壤微生物与有机肥团队“微生态与根际健康实验室”在Nature Biotechnology发表的最新研究成果：利用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病。
喜讯传来，热心肠研究院第一时间联系采访了论文并列第一作者兼共同通讯作者“85后”韦中教授，请他讲讲如何把噬菌体疗法落到中国大地的精彩故事。
南京农大沈其荣、韦中等：使用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病取得重大突破
Nature Biotechnology[IF:31.864]
① 青枯病是重要的植物病害，其致病菌是茄科劳尔氏菌，能够侵染多种常见作物；② 组合 4 株田间分离得到的短尾噬菌体，施加到温室和大田体系中，发现能够显著降低青枯病的发生，防控效率高达80%；③ 这些裂解性噬菌体能快速、有效的降低病原菌的数量，残存下来的病原菌虽有一定的耐受性，但生长显著受累；④ 噬菌体组合显著影响了群落结构，增加了群落多样性，客观上修复了病原菌入侵对土著群落的扰动，增加了土著菌群对抗外来病原菌的能力。
Phage combination therapies for bacterial wilt disease in tomato
12-02, doi: 10.1038/s41587-019-0328-3
【主编评语】本期日报，我们特别报道南京农业大学“微生态与根际健康实验室”在 Nature Biotechnology 发表的最新成果：利用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病。尽管噬菌体作为一种治疗手段很早就被提了出来，但是在应用上仍然处于比较初级的阶段。特别是在噬菌体疗法的安全性、特异性和诱导抗性等方面的讨论也一直在持续进行。在这样的背景下，能够以实验方法证实噬菌体疗法的可靠性、安全性显得尤为关键。在小编看来，由于这项研究使用了田间试验的设计，所以成果非常贴近实际。其主要结论之一，使用噬菌体治疗后，可以帮助根际菌群的结构向好，对于我们在肠道或者人类健康领域使用符合噬菌体疗法提供了十分积极的生态学观点指引。（@gaoch）
问：祝贺您在根际微生态领域的研究工作在Nature Biotechnology 发表。可否先请您介绍一下这项研究的背景和由来？
答：随着集约化农业的不合理发展，化肥农药的持续过量投入以及经济作物的单一连作，导致土壤微生物群落结构严重失衡，生态功能急剧削弱。近年来，土壤养分周转不畅、污染物难以消解、土传病害频发就是土壤微生态失衡、土壤健康水平下降的重要证据。
“土壤不健康了，给作物供应再多养分也没有用了。” 土壤微生物与有机肥团队负责人沈其荣教授时常对我们说，这也是为什么沈教授，一个土壤肥料工作者，早在15年前把解决土传病害这一世界级难题列为团队重要研究方向之一。毕竟是发生在土壤中的事，责任推不掉。
10多年来，我们团队利用土壤有益菌开发了一些列生物有机肥和功能性育苗基质等产品，也结合了轮作、嫁接等农艺措施和手段，在防控土传病害领域取得一些重要进展。但是对于一些土传病害发生特别严重的区域，单一的绿色生态调控措施往往不稳定，农户往往选择传统化学农药和熏蒸等方法。这些方法的优点是短期内见效快，但也有比较大的生态风险：病原菌容易形成耐药性，再加上农药和熏蒸剂的靶向性不强，在杀灭病原菌的同时也破坏了土壤正常的微生物群落，危及到土壤微生物的生态功能，尤其是其天然的抑病能力，这样土传病原菌二次侵染时往往造成更大的危害。如果能够对症下药、“精确制导”，直接降低病原菌的数量，并且削弱土壤病原菌的竞争能力的话，那再结合生物有机肥等绿色调控措施就可以了。
我所在的微生态与根际健康实验室重点关注由病原细菌青枯菌（Ralstonia solanacearum）引起的土传青枯病。青枯菌在土壤中存活时间长，能够侵染番茄、茄子、辣椒、烟草、生姜、花生等400多种植物，常导致作物减产，甚至绝收。2014年5月，受来我校访问的Ville Petri Friman博士关于噬菌体在人体病原菌研究工作的启发，我们开始探索借助噬菌体疗法定向调控根际菌群的可能性。
噬菌体是一类专性侵染细菌的病毒，在环境中普遍存在，其数量级可达109/g土。噬菌体对宿主细菌具有高度侵染特异性，可以实现对特定病原菌的精准裂解，并且能够动态压制病原菌数量。
目前，国内外不少学者在医学、养殖、果蔬保鲜、农业病害防控等领域做了不少尝试。土壤环境复杂，噬菌体疗法在土传细菌性病害防控中的效果还不稳定。最重要是的，噬菌体在土壤中抑制土传病原菌的作用机制还没有阐明清楚。
问：研究中使用的这些噬菌体是怎么获得的？又是怎么应用的？
答：为了开展这项研究，我和孝芳他们在全国不同地区的青枯病重灾区田间分离了大量病原菌特异性的裂解性噬菌体，随后对噬菌体的来源和抑菌特性进行了鉴定。据此选择了4株短尾噬菌体组合成不同丰度的噬菌体组合，施加在温室和大田体系中，观察噬菌体的作用。
结果显示，噬菌体组合均能够显著降低青枯病的发生，多噬菌体组合优于单一噬菌体，最高防控效率可达80%。这里需要注意的是，噬菌体的田间应用还需要反复进行测试，不同气候、土壤条件和病原菌的生态型等等因素都可能影响防控效率。
之所以选择多个噬菌体组成一个“鸡尾酒”，是因为单一噬菌体抑菌的效果存在不稳定性。这可能是由于各地的致病菌本身存在一些细小的差异、噬菌体的特异性以及细菌产生了对噬菌体的抗性等原因造成的。另外，不同噬菌体杀死病原菌的途径和机制也会有所差别。因此，使用噬菌体组合，很大程度上可以提高防治的效率。
在使用上，噬菌体的投入不需要一个很大的量。噬菌体颗粒进入土壤后，可以很快地找到宿主，并大量增殖，直到把整个病原菌的群体数量降下来。由于不同噬菌体的作用机制不一样，所以多个噬菌体的组合能够侵染更多的病原菌。
问：请问您觉得这项研究中最重要的发现和突破有哪些？
答：噬菌体疗法已经很古老了，但同时也是很前沿的。由于应用环境的复杂性，说噬菌体疗法有效也不奇怪，说没有效果大家也不奇怪，难点在于能否阐明背后可能的机制。大家期待噬菌体疗法，是因为它确实能解决一些特定的难题，比如耐药菌及超级细菌等带来感染，也能缓解抗生素过量使用带来的生态风险，但同时也我们也担心噬菌体疗法是否有生态风险，比如施用的噬菌体是否会侵染土著微生物？
我们的这项研究，有三点比较重要：第一是在复杂的土壤环境中证明了噬菌体对于防治作物土传细菌性病害确实有些用；第二是用比较完整的证据揭示了它为什么能够有用；第三，这种方法对环境是绿色生态的，当然这些还需要长期论证。
第一点这里就不再多说，我想重点谈一谈第二点。我们的结果表明，噬菌体的作用机制包括两个方面，一是直接对病原菌的作用，即有针对性的靶向清除；二是在杀灭的基础上，起到调控根际微生态的作用。
能够揭示噬菌体对根际微生态的调节作用，在我看来是具有重要意义的。我们知道，噬菌体在裂解细菌的同时，细菌本身也会产生对噬菌体的耐受性。一般认为，细菌对噬菌体的诱导抗性，是可以导致噬菌体治疗手段失败的。
而我们的结果显示，尽管一部分残存的细菌对噬菌体产生了抗性，但噬菌体的存在仍然能够导致细菌的生长阻滞，从而降低了病原菌在整个微生物菌群中的竞争力，导致病原菌的侵染能力下降。这种微生态上微妙的平衡，让我们感受到了自然的和谐之美。
另外，噬菌体添加到土壤中应该会对土壤菌群产生影响。那么对土壤微生物有什么影响？会不会有生态风险？会不会破坏土壤中本来的微生物区系？
答案是噬菌体不会破坏土壤的微生物区系，反之，噬菌体还修复了被病原菌破坏的土壤微生物生态系统，体现在增加了的土壤菌群多样性，特别是增加了群落中抑菌能力强的一类物种的丰度，这可能进一步提高了群落的抑病能力。
从微生态的角度来看，在病害严重的土壤中，实际上是病原菌大量增殖挤占了其它微生物的生态位，导致整个微生物群落结构处于不健康的失衡状态。而噬菌体的加入杀死了过量的病原菌，从而使大量的空间和资源被释放出来，病原菌丰度下降，使得其它的微生物能够逐渐复苏，并重新占据了一些重要的生态位。
这样，噬菌体得以重塑整个根际微生态，引起菌群多样性恢复，微生物之间相互制约的关系能够被重现建立起来。这样的一个生态系统会比较稳定，能够延续下去，如果病原菌后来再次入侵会更为困难。
也就是说，噬菌体带来的这种恢复是可持续的，这应该是我对整个研究最有感触的一点。
问：此前您团队中的工作，包括微生物之间相互作用的微生态机制研究，在《热心肠日报》中也有收录，但本文还是第一次涉及到噬菌体疗法。第一次做噬菌体，就发表了如此高水平的论文，能不能给我们分享一下您自己看来，工作取得成功的关键在哪里？
答：应该说，这不是我们第一次做噬菌体和发表研究论文。2017年的时候，我们在Evolution上面发表了一篇文章，那是实验室第一次发表噬菌体相关的论文。虽然那是一个很小的工作，但是出发点还是比较前沿新颖的，把噬菌体和拮抗有益菌结合起来，探究两者协同抑制病原青枯菌的效果和机制。文章发表后，有专家也在Evolution杂志上进行了亮点评论。此外，在噬菌体专题研讨会上也被作为亮点介绍。（小编按：参见今天日报的第二篇短科普）
在那项研究中，我们发现噬菌体的优点在于高效的裂解，低剂量的接种就很有效，可以实现对病原菌动态的阻控。不过，刚刚提过，噬菌体在裂解细菌的时候也会很快诱导细菌的抗性产生。但是，即便细菌通过突变等途径成功的避免了噬菌体的杀灭作用，仍然要面对有益微生物的拮抗作用。噬菌体对它没用了，但是有益微生物对病原菌更加有用了。所以，结果就是噬菌体和生防菌能够联合起来抑制病原菌，协同作用更稳定。
尽管第一个工作在理论和实践意义上还都不错，但是我们实验室来说，算是吃了定心丸：我们可以放心开展噬菌体研究了。
至于为什么第二篇噬菌体的工作就发表在Nature Biotechnology上面，一方面是幸运，第一次尝试就成功了，应该是走运了。当然还是和我们团队工作积累有很大的关系。这里不再展开，主要有几点：1）我们团队在根际菌群调控开展了系统研究，科学问题找的比较准；2）研究思路和方案都比较清晰，技术手段成熟；3）王孝芳博士生特别努力，实验室研究生之间的紧密配合；4）良好的国际合作，英国约克大学Ville-Petri Friman博士是项目的英方合作者，我们之间已经进行了长达5年的合作，合作基础非常好。今年我们还一起获得了英国皇家科学院先导项目。此外，Alexandre Jousset博士也给了非常棒的意见。
问：我注意到试验的数据采集在 2017 年夏季就已经全部完成了，但是文章的发表仍然用了两年多的时间，在这期间主要做了哪些工作？
答：的确是这样的。虽然盆栽试验在2017年夏季完成，但基于盆栽土壤，我们还开展了很多室内研究，如分离进化（实验结束后）的病原菌，检测这些菌株的特性；从土壤中分离可培养细菌，检验噬菌体对它们的侵染能力；室内验证噬菌体组合对土壤微生物群落的影响；土壤微生物多样性测序等等。在获得所有数据后，数据分析、整理文章、架构故事也历经了很长的时间。
此外，在噬菌体组合工作之前，我们还有一个田间调查的工作，重点探究田间土壤噬菌体种群与土传青枯病发生之间的关系，后续大量的验证工作也花费很多时间。2018年5月，孝芳去约克大学访问了半年的时间，期间也一直在进行那一篇论文的工作。但最后还因为一个基因组小数据没有分析好，所以就把NBT论文相关工作排在前面优先处理了。
此次发表在NBT上面的研究，准确的说应该是从2018年11月开始撰写论文的。中间我们花费了一些时间来补充实验数据和完善一些验证实验。包括检测噬菌体对其它微生物侵染的能力，验证噬菌体发挥作用时的特异性，以及检测噬菌体的使用对土壤微生物区系的影响，阐明对根际菌群的间接的调控作用等。总的来说，这篇论文的发表过程还是比较顺利的。所以说，也是很幸运。
问：这项研究的开展很接近于实际生产环境，不知道目前的产业化进展如何？除了针对土传病害的问题，除了噬菌体还有没有其它的秘密武器？
答：产业化这块其实是我们整个研究团队一直在思考的问题。我们团队开展科学研究的初心就在于此，就是希望能够解决农业生产中的实际问题，所以团队在农业固体废弃物资源化和高附加值化、土壤微生物调控与土传病害防控等方面取得很大的成绩。不过，作为一个年轻的科研工作者，我们还是要静下心来继续深入开展基础理论研究，同时针对生产问题探究技术应用的前景，不断完善理论和技术体系。
当然，为了让研究工作接地气，我们每年也和研究生一起去田间开展研究，一方面让研究生直面生产难题，激发科研的内生动力，另一方面就是把田间的复杂环境简化为实验室的各种试验因素，设置更严谨科学的试验方案。
噬菌体产业前景还是非常好的，如果有诚意的企业愿意一起开展应用研究，我们也是非常欢迎的。产业化还是靠企业，我们提供基础支撑就行。培养好更多优秀人才是我们老师的基本任务，不管是科研和技术人才，这样才能真正的能够在国民经济主战场做出我们的一份贡献。
至于第二个问题，除了噬菌体我们团队还有生物有机肥、全元生物有机肥、土壤绿色熏蒸等技术和产品，在实际生产中还是非常有用的。
例如，对于一些病害严重的大棚，很适合开展土壤熏蒸+全元生物有机肥共同使用的方法来改善。这个方案本质上有点类似肠道中的粪菌移植，先把肠道中的原有的以有害细菌为主体的菌群消灭掉，然后再用健康的菌群去取代它。生物有机肥中不仅包括有益微生物，还包括一些能够改良土壤微生态环境的辅料，帮助有益菌定植，重建一个健康的根际菌群。
相关技术也都先后获得国家科技发明二等奖、国家科技进步二等奖、中国专利金奖、神农中华农业科技一等奖、教育部科技一等奖等。
问：能不能介绍一下自己？
答：谢谢，我自己就不做过多介绍了。如果有读者对根际微生态研究有兴趣，欢迎关注我们实验室的微信公众号，我们每周在上面分享组内成员的优秀读书报告和最新的实验室文章，现在基本上每周发两篇。
虽然我是做根际菌群研究的，但自己已经是《热心肠日报》的老读者了，“肠·道”演讲的相关视频我也学习的比较多。肠道菌群和根际菌群的研究在生态学上是统一的，可以相互借鉴，相互学习，共同进步。
此外，我们实验室常年招收研究生、博士后，欢迎感兴趣的同学来撩。
编者注：韦中，安徽临泉人，1985年生人，2012年5月毕业于南京农业大学后留校工作至今，历任讲师（2012）、副教授（2016），教授（2019）。韦中博士是国家自然科学基金优秀青年基金获得者（2019），中国科协托举人才（2015），江苏省优秀青年基金获得者（2017）、优秀青年骨干教师（2016），南京农业大学钟山学术新秀（2015）等。近年来，南京农业大学微生态与根际健康实验室依托农业资源与环境国家双一流学科，在973项目、国家自然科学基金、国家重点研发计划和江苏省自然科学基金等项目资助下，围绕根际微生态与土传病害防控这一重大问题，在揭示抑病型土壤微生物区系形成机制、菌群互作机制与益生菌群构建和抑病型土壤微生物群落调控等方面取得重要突破。相关工作在Nature Biotechnology, Nature Communications, Science Advances, Ecology Letters, Trends in Plant Sciences, mBio, Environmental Microbiology 和Soil Biology and Biochemistry 等国际著名期刊发表。
长按下方二维码，查看韦中教授近期发表的4篇高水平论文的《热心肠日报》短科普。
（采访完，请阅读本期日报的其它内容）
南京农大韦中：噬菌体和细菌竞争者能够协同抑制土壤中植物病原菌的生存
Evolution[IF:3.573]
① 研究了青枯菌噬菌体和拮抗菌株（一株解淀粉芽胞杆菌）单独以及共同作用时对植物病原菌青枯雷尔氏菌的抑制活性；② 噬菌体自身对青枯菌的抑制活性很快丧失，96 h后致病菌就获得了对噬菌体的抗性；③ 但是，噬菌体与拮抗菌株共同作用仍然较单独使用拮抗菌进一步降低了病原菌的活性；④ 后期噬菌体虽然不能杀死病原菌，但显著增加了病原菌对拮抗菌分泌的抗生素的敏感性，说明病原菌在取得噬菌体抗性的同时不得不损害了自身的其它竞争能力。
Parasites and competitors suppress bacterial pathogen synergistically due to evolutionary trade‐offs
2016-12-07, doi: 10.1111/evo.13143
【主编评语】这是韦中教授2016年底发表在Evolution杂志上的研究成果，是2019年Nature Biotechnology文章的重要基础之一。在这篇文章中，他们发现噬菌体和细菌竞争者共同存在的时候，病原菌在同时应对二者的作用时有点“顾此失彼”，即产生了对噬菌体抗性的病原菌，在面对细菌竞争者时更加脆弱。所以，噬菌体和拮抗菌的组合能够更好的抑制病原菌的活性。（@gaoch）
使用原生动物调节根际菌群？
Trends in Plant Science[IF:14.006]
① 土壤原生动物是一类高度多样化的单细胞真核生物，也是根际微生物组研究中常被忽略的部分；② 原生动物影响微生物群落结构和多样性，二者间的互作包括捕食者选择性摄食以及被捕食者的防御行为；③ 原生动物通过捕食行为产生选择压力，成为微生物进化的主要动力，进而影响微生物组功能，侧面促进了养分周转和植株健康；④ 识别有益原生动物，将其作为增强营养循环、促进植物生长的生物制剂，可成为可持续农业中优化根际微生物的工具。
Protists: Puppet Masters of the Rhizosphere Microbiome
2018-11-13, doi: 10.1016/j.tplants.2018.10.011
【主编评语】根际微生物组是植物健康的主要决定因素。然而，驱动微生物组装配的机制尚不清楚，阻碍了对其有效管理。在这一综述中作者提出：自由生活的原生生物作为微生物组的一个被忽视但核心的组成部分，可以提供强大的杠杆作用来改善微生物组的功能。（@gaoch）
Nature子刊：拟南芥叶围菌群组装的规律和关键菌株
Nature Ecology & Evolution[IF:10.965]
① 将62个本地菌株进行菌群组装，接种拟南芥，进行退出和延迟引入实验，测试到达顺序和如何形成菌群结构；② 各个植物叶圈内所有菌株的相对丰度显示，菌群组装具有历史偶然性，但受优先效应影响；③ 缺失的菌株会不同程度入侵已经形成的菌群，而这些菌群本身具有抵抗力，基本不会受到后来者的影响；④ 变形菌门中的鞘氨醇单胞菌属、根瘤菌属和放线菌门中的细杆菌属、红球菌属等个体菌株是关键菌株；⑤ 这些关键菌株具备影响菌群结构的最大潜力。
Synthetic microbiota reveal priority effects and keystone strains in the Arabidopsis phyllosphere
09-26, doi: 10.1038/s41559-019-0994-z
【主编评语】我们知道，“优先效应”在人体肠道菌群中发挥着重要的作用（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1053244417）。Nature Ecology & Evolution 上面发表的这篇论文，证明了在植物表面菌群的组装过程中，“优先效应”同样发挥重要的作用。（@gaoch）
母乳喂养羔羊具有更健康的瘤胃菌群
Environmental Microbiology[IF:5.147]
① 以羔羊为受试对象，探究母乳喂养与人工饲养如何塑造瘤胃菌群；② 6周龄断奶期，初乳喂养提高瘤胃内容物中挥发性脂肪酸含量，加快瘤胃菌群发育，促进固体饮食过渡；③ 代乳制品喂养的羔羊在断奶期，瘤胃中没有原生生物，微生物多样性降低；④ 23周龄放牧期后，瘤胃原核生物群落差别会消失，但母乳喂养有更高的瘤胃真菌多样性、饲料消化率和生长率；⑤ 然而瘤胃菌群与羔羊产量之间并没有联系，证明早期营养干预会影响瘤胃菌群，但效果不会持久。
Maternal vs artificial rearing shapes the rumen microbiome having minor long-term physiological implications
09-13, doi: 10.1111/1462-2920.14801
【主编评语】一年前，Nature Communications 上面的一项研究发现，纯母乳喂养可以显著影响婴儿的肠道菌群组成（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1082390539）。羔羊虽然也是哺乳动物，但这类反刍动物具有独特的消化道结构，母乳喂养会对羔羊肠道菌群带来什么影响呢？这项研究主要从母乳喂养对瘤胃菌群结构和功能的影响方面回答了这一问题。（@gaoch）
Nature子刊：全球尺度内人肠道病毒 crAssphage 的演化
Nature Microbiology[IF:14.3]
① 病毒是微生物群落中最可变的组分，但近期研究表明人类肠道病毒组相当稳定；② 从世界上超过1/3国家对人类肠道病毒crAssphage进行搜集，比对DNA序列，发现crAssphage在国家、城市、个体中局部地成簇存在；③ 在旧世界和新世界灵长类动物中发现crAssphage类基因组，表明crAssphage与灵长类的关联可能有几百万年；④ 分析1000多个体后发现crAssphage与拟杆菌门的几个不同分支有强关联性，与几种饮食类型有弱关联性，与健康或疾病无关联。
Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage
07-08, doi: 10.1038/s41564-019-0494-6
【主编评语】crAssphage是在人肠道中发现的一种噬菌体，在2014年首次发现的时候，完全是一个新的噬菌体类群（没有已知的亲缘病毒株）。之所以叫这个奇怪的名字，是因为其基因组的组装是在一款名为“cross-assembly”的软件下完成的。crAssphage是人肠道中最丰富的噬菌体类型（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1079856040），也被作为人肠道病毒组的标志物（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1093737076）。本研究进一步揭示，这一噬菌体类型可能已经与人类休戚与共数百万年了。（@gaoch）
Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组
Cell[IF:36.216]
① 分析了全球126个采集点370个样本的宏基因组和187个样本的宏转录组，构建了包含4700万个基因的海洋微生物参考基因集；② 微生物群落在海洋中呈现垂直分层现象，此现象与海洋表面温度的差异有关；③ 全球气候变暖导致海洋生物更替，对宏转录组组成的影响极地区显著高于非极地区；④ 结合不同环境宏基因组和宏转录组数据，揭示了代谢标记基因转录变化的潜在机制；⑤ 未来可整合不同时间点的组学数据，进一步完善海洋生态系统模型。
Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome
11-14, doi: 10.1016/j.cell.2019.10.014
【主编评语】Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。（@gaoch）
粪肠球菌或可促进肠出血性大肠杆菌的毒性
mBio[IF:6.747]
① 粪肠球菌通过两种机制影响肠出血性大肠杆菌（EHEC）III型分泌系统（T3SS）的表达和活性；② 其一，粪肠球菌存在时，EHEC T3SS编码基因转录增加，导致效应蛋白Tir引起的移位效应增加，在宿主细胞上形成更多基座；③ 以上效应存在于多株肠球菌中；④ 其二，粪肠球菌分泌的蛋白酶GelE，可裂解EHEC T3SS的主要结构蛋白EspB，促进Tir的移位效应；⑤ 粪肠球菌影响EHEC T3SS的表达增加，依赖于粪肠球菌和EHEC的细胞接触。
Enterococcus faecalis Enhances Expression and Activity of the Enterohemorrhagic Escherichia coli Type III Secretion System
11-19, doi: 10.1128/mBio.02547-19
【主编评语】mBio最近的一项研究揭示了人肠道中共生菌粪肠球菌（E. faecalis）和一株致病菌肠出血性大肠杆（EHEC）间复杂的多种互作关系，粪肠球菌或可通过于EHEC细胞的接触，促进III型分泌系统(T3SS)的基因表达和活性。此外，粪肠球菌分泌的GelE 蛋白酶可裂解EHEC T3SS的主要结构蛋白EspB，促进T3SS的活性。本研究提示，人体共生菌能显著影响病原菌毒力因子的表达和活性，进而影响疾病的进展。（@nana）
感谢本期日报的创作者：gaoch，刘永鑫-中科院遗传发育所-宏基因组，王文东，爱的抉择，段段，nana
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