揭秘IBD肠道病毒组中的“暗物质” | 热心肠日报
今天是第1296期日报。
Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”
Cell Host and Microbe[IF:15.753]
① 对公开数据库中的健康人及IBD患者肠道病毒组进行重新分析，共61名健康人、27名克罗恩病患者及42名溃疡性结肠炎患者；② 通过全病毒组分析，鉴定出许多未知的病毒序列，并发现健康人的肠道病毒组中以由烈性噬菌体组成的稳定核心为主；③ 鉴定出IBD特异性的肠道病毒组变化，克罗恩病患者的肠道病毒组中温和型噬菌体的数量增加；④ IBD患者的肠道病毒组变化反映了肠道细菌组成的变化；⑤ 综合细菌菌群及病毒组，可更好地区分健康人与IBD患者。
Whole-Virome Analysis Sheds Light on Viral Dark Matter in Inflammatory Bowel Disease
11-19, doi: 10.1016/j.chom.2019.10.009
【主编评语】Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。（@szx）
谷蛋白摄入+肠道病毒感染或共同触发乳糜泻
Gut[IF:17.943]
① 纳入83名乳糜泻相关自身免疫（CDA）患儿及83名健康儿童（均带有乳糜泻高危的HLA基因型）进行一项巢式病例-对照研究；② 每个月收集一次粪便样本（直至2岁）用于分析病毒组；③ 1-2岁期间，粪便中肠道病毒的累积暴露量与CDA风险的增加显著相关；④ 对比谷蛋白摄入量不同的儿童，发现在高谷蛋白摄入的儿童中，粪便中肠道病毒的累积暴露量与CDA风险的关联最高（OR=8.3）。
Metagenomics of the faecal virome indicate a cumulative effect of enterovirus and gluten amount on the risk of coeliac disease autoimmunity in genetically at risk children: the TEDDY study
11-19, doi: 10.1136/gutjnl-2019-319809
【主编评语】高谷蛋白饮食及胃肠道病毒感染被认为是触发乳糜泻的环境因素。来自Gut上发表的一项巢式病例-对照研究，发现肠道病毒感染与乳糜泻相关自身免疫的风险增加相关，而谷蛋白摄入促进了肠道病毒感染对乳糜泻相关自身免疫风险的增加效应。（@szx）
乳糜泻患者肠道上皮内γδ T细胞的TCR更加多样
Mucosal Immunology[IF:7.352]
① 对8名未接受治疗的乳糜泻患者、5名接受无谷蛋白饮食治疗的乳糜泻患者及7名健康人，对肠道上皮内γδ T细胞进行单细胞TCR测序；② 相比于健康人，乳糜泻患者的γδ TCR有着更高的多样性、更高的TRDV1及TRDV3使用频率、不同的TCRγ/TCRδ配对模式；③ 鉴定出部分乳糜泻患者中特异性的CDR3γ序列，这些序列与germline或近germline序列相近，提示这些序列可能不是乳糜泻特异性的。
Single-cell TCR sequencing of gut intraepithelial γδ T cells reveals a vast and diverse repertoire in celiac disease
11-14, doi: 10.1038/s41385-019-0222-9
【主编评语】肠道上皮内γδ T细胞的增加是乳糜泻的疾病特征之一。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，对乳糜泻患者及健康人的肠道上皮内γδ T细胞进行了单细胞TCR测序，发现患者的TCR多样性高于健康人，且TCR的V基因使用模式与TCRγ/TCRδ配对模式有所差异。（@szx）
Science子刊：生酮饮食或可对抗流感病毒感染
Science Immunology[IF:10.551]
① 在甲型流感病毒感染7天前，给小鼠喂食生酮饮食，可显著提高小鼠的生存率及体重；② 机制上，生酮饮食显著增加了小鼠肺部的γδ T细胞，并增强了肺部的屏障功能；③ 仅保留生酮饮食中的高脂饮食部分（喂食高脂饮食+高碳水化合物饮食）、或直接喂食酮体底物（绕过肝脏生酮作用），均无法诱导保护性γδ T细胞的产生；④ 上述结果提示，保护性γδ T细胞的扩增需要小鼠对生酮饮食的代谢适应。
Ketogenic diet activates protective γδ T cell responses against influenza virus infection
11-15, doi: 10.1126/sciimmunol.aav2026
【主编评语】Science Immunology上发表的一项最新研究，发现给小鼠喂食生酮饮食，可通过增加肺部的γδ T细胞并增强肺部屏障功能，提升小鼠对甲型流感病毒的抵抗力。（@szx）
ILC2是肠道ILC产生的IL-10的主要来源
Journal of Experimental Medicine[IF:10.892]
① 在不同来源的小鼠中，无论是静息态下，还是诱导肠道炎症后，均未能检测到ILCreg；② 在静息态下，可产生IL-10的肠道2型天然淋巴细胞（ILC2）的比例较低；③ IL-2、IL-4、IL-10、IL-27及神经调节肽可诱导肠道ILC2产生IL-10，而TL1A可抑制肠道ILC2产生IL-10；④ 不同于ILC2，ILC1及ILC3在不同的刺激下无法产生IL-10；⑤ ILC2产生的IL-10可激活反馈回路，促进ILC2进一步产生更多的IL-10。
ILC2s are the predominant source of intestinal ILC-derived IL-10
11-07, doi: 10.1084/jem.20191520
【主编评语】近期研究表明，存在一个亚群的天然淋巴细胞——ILCreg，与可分泌IL-10的调节性T细胞有着相似功能。Journal of Experimental Medicine上发表的一项最新研究，发现无论是在静息态，还是诱导肠道炎症的小鼠中，均无法检测到ILCreg的存在。而肠道的不同ILC亚群中，仅有ILC2可被诱导产生IL-10。（@szx）
螺杆菌对肠道ILC3的双重调控
PNAS[IF:9.58]
① 免疫缺陷小鼠结肠中的3型天然淋巴细胞（ILC3）数量显著减少；② 免疫缺陷小鼠的结肠菌群可抑制结肠ILC3的增殖，并改变肠道转录组；③ 从免疫缺陷小鼠中分离出两种螺杆菌属菌种——Helicobacter apodemus及Helicobacter typhlonius；④ H. apodemus及H. typhlonius可引起肠道菌群失调，并可促进结肠RORγt+ ILC3的减少；⑤ H. apodemus及H. typhlonius可活化肠道ILC3，促进其产生IL-22、GM-CSF、IL-17A，促进ILC1产生IFN-γ，并诱发肠道炎症。
Dichotomous regulation of group 3 innate lymphoid cells by nongastric Helicobacter species
11-18, doi: 10.1073/pnas.1908128116
【主编评语】菌群在调控肠道天然淋巴细胞（ILC）中发挥重要作用。PNAS上发表的一项最新研究，发现2种螺杆菌属菌种——Helicobacter apodemus及Helicobacter typhlonius，可抑制结肠ILC3的增殖，但又能够激活ILC的功能，并引发肠道菌群的失调及肠道炎症。（@szx）
Cell子刊：肠道IL-17R信号通路抑制肝脏炎症
Cell Reports[IF:7.815]
① 在伴刀豆球蛋白诱导的肝炎模型小鼠的肠道上皮细胞中特异性敲除IL-17RA；② 在诱导肝炎之前，缺失IL-17RA的小鼠表现出肠道菌群失调、细菌产物（无甲基化修饰的CpG DNA）易位增加，从而驱动肝脏IL-18的产生；③ 在诱导肝炎之后，IL-17RA的缺失可恶化肝脏损伤，并增加肝细胞死亡，上述效应依赖于肠道菌群；④ IL-18对于IL-17RA缺失引起的肝炎恶化是必需的，IL-18与肝脏淋巴细胞的活化增强相关（表现为FasL及IFN-γ的表达增加）。
ntestinal IL-17R Signaling Constrains IL-18-Driven Liver Inflammation by the Regulation of Microbiome-Derived Products
11-19, doi: 10.1016/j.celrep.2019.10.042
【主编评语】肠道中的IL-17信号可调节肠道菌群。Cell Reports上发表的一项最新研究，发现破坏小鼠肠道中的IL-17R信号，可恶化伴刀豆球蛋白诱导的肝脏炎症。机制上，IL-17R的缺失促进了肝脏IL-18的产生，以增强肝脏淋巴细胞的活化；另外，IL-17R的缺失促进了细菌产物（CpG）的易位以触发肝脏炎症。（@szx）
IgA与肠道菌群（综述）
Mucosal Immunology[IF:7.352]
① 大多数分泌IgA的浆细胞位于肠道粘膜，粘膜中的IgA通常通过J链形成二聚体，分泌进入血清后的IgA通常为单体；② 小肠派尔集合淋巴结被认为是IgA产生的主要场所，根据产生机制不同，体内的IgA可分为T细胞依赖性IgA及T细胞非依赖性IgA；③ IgA缺陷是人类中最常见的免疫缺陷，由于IgM的补偿作用，IgA缺陷通常表现出的表型较轻，与多种疾病易感性相关；④ 分泌型IgA可通过中和致病菌或肠道细菌产生的毒素，并可通过直接结合菌群以调控其定殖水平。
IgA and the intestinal microbiota: the importance of being specific
11-18, doi: 10.1038/s41385-019-0227-4
【主编评语】Mucosal Immunology上发表的一篇综述文章，详细介绍了体内IgA应答的产生及调控，并讨论了IgA通过与菌群抗原结合所发挥的菌群调控功能与作用机制。（@szx）
感谢本期日报的创作者：szx
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