研究非洲人的肠道菌群，带来了哪些启示？| 热心肠日报
今天是第1186期日报。
非洲人肠道菌群研究有哪些启示？（综述）
Trends in Microbiology[IF:11.974]
① 目前以西方社会为主的肠道菌群（GM）研究成果能否推广到非洲人还不清楚；② 西方人与非洲狩猎采集和农业人群之间的比较研究，揭示出基于生活方式和饮食因素的GM特征；③ 营养不良及其相关病理与GM的变化有关，目前的营养替代策略无法持续纠正GM的改变，从而限制了长期疗效；④ 传染病与肠道微生态的破坏有关，寄生虫的定植可能是决定微生物群落结构的重要因素；⑤ 未来的GM研究需要考虑不同人群，获得全世界微生物多样性的完整集合。
Surveying Gut Microbiome Research in Africans: Toward Improved Diversity and Representation
06-06, doi: 10.1016/j.tim.2019.05.006
【主编评语】随着肠道菌群研究的深入，科学家逐渐将目光从工业化的西方国家，投向非洲原始部落和农耕人群，这些研究不仅能揭示人类菌群的多样性，还有助于理解生活方式和饮食因素对菌群的塑造作用。Trends in Microbiology近期发表的综述对相关研究和发现进行了汇总，我们特别将其中的配图做成了简单的一图读懂，希望能助你涨知识。（@李丹宜）
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Cell子刊：与GPCR互作的菌群代谢产物
Cell Host and Microbe[IF:15.753]
① 针对241个人G蛋白偶联受体（GPCR）进行大规模功能筛选，以鉴定出可激活GPCR的人体菌群代谢产物；② 鉴定出多种分类群特异性的初级代谢产物，可激活特定的GPCR或广泛的GPCR家族，在免疫、神经传递、代谢等生理过程中发挥调节作用；③ 苯丙酸可激活GPR109B，后者的活化驱动白细胞的趋化信号通路；④ 尸胺可激活HRH4，后者是组胺受体家族的成员；⑤ 9-10-亚甲基十六烷酸可激活脑血管生成因子1（BAI1）受体，可能在先天性免疫应答中起调节作用。
Mapping Interactions of Microbial Metabolites with Human G-Protein-Coupled Receptors
08-01, doi: 10.1016/j.chom.2019.07.002
【主编评语】菌群代谢产物对宿主健康有重要影响。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，通过大规模功能筛选，鉴定出了多种可与GPCR互作的菌群代谢产物。（@沈志勋）
活化GPCR——2型糖尿病药物研发新思路
Trends in Molecular Medicine[IF:11.028]
① 调节G蛋白偶联受体（GPCR）活性是新药研发的重要策略；② 用脂肪酸衍生的脂质来活化GPCR，可通过影响胰岛素和肠降糖素的分泌来控制糖稳态，因而GPCR可作为糖尿病治疗的新靶点；③ 靶向游离脂肪酸受体1（FFA1，一种GPCR）的选择性激动剂TAK-875（fasiglifam）的临床研究曾进展至3期临床试验，虽因其潜在的肝脏毒性而研发终止，但证实了以GPCR为靶点改善糖尿病的可行性；④ 其它研究中的GPCR靶点还有FFA4、GPR119和CB1等。
Targeting GPCRs Activated by Fatty Acid-Derived Lipids in Type 2 Diabetes
07-31, doi: 10.1016/j.molmed.2019.07.003
【主编评语】G蛋白偶联受体是2型糖尿病药物研发中的新靶点，Trends in Molecular Medicine近期发表综述对相关临床前和临床研究进展进行汇总，值得专业人士关注。（@李丹宜）
Cell子刊：区分与肥胖和糖尿病相关的肠道菌群特征
Cell Host and Microbe[IF:15.753]
① 纳入体重正常健康人、胖健康人（ObH）、胖2型糖尿病（ObT2D）患者共1280人；② 与瘦人相比，ObH的菌群组成和功能以及血清代谢物发生变化，包括17个菌属（如Akk、粪杆菌、颤杆菌和别样杆菌减少）、97个菌群功能特征、105个代谢物，某些代谢物与特定菌群成员相关；③ 对比ObH与ObT2D，校正糖尿病用药后，菌群与T2D的关联性弱，埃希氏菌属/志贺氏菌属略增多，19个代谢物有差异；④ 降压、降糖药等药物和膳食补剂（如铁剂）与菌群变化显著相关。
Obese Individuals with and without Type 2 Diabetes Show Different Gut Microbial Functional Capacity and Composition
08-06, doi: 10.1016/j.chom.2019.07.004
【主编评语】Cell Host and Microbe发表的一项最新研究，在德国队列中通过对比健康瘦子与健康胖子、健康胖子与糖尿病胖子的肠道菌群，找出了与肥胖和糖尿病单独相关的菌群变化特征，发现肥胖与菌群变化显著相关，而2型糖尿病与菌群变化的关联则较弱，此外，用药和膳食补充剂也可在一定程度上解释菌群的变化。（@李丹宜）
减肥期间TMAO减少可能不利于骨骼健康
Diabetes Care[IF:15.27]
① 一项为期2年的随机试验中，超重/肥胖受试者吃不同的低热量减肥餐，纳入其中264人分析肠道菌群代谢物氧化三甲胺（TMAO）及其前体（如左旋肉碱）与骨密度（BMD）变化的关联；② TMAO对减肥期间的BMD损失有潜在保护性作用，血浆TMAO水平的降低与BMD损失之间的相关性独立于体重变化，且不受基线糖尿病状态和血糖水平的影响；③ 血浆左旋肉碱含量变化与BMD变化之间的关系受膳食脂肪的影响。
Circulating Gut Microbiota Metabolite Trimethylamine N-Oxide (TMAO) and Changes in Bone Density in Response to Weight Loss Diets: The POUNDS Lost Trial
08-01, doi: 10.2337/dc19-0134
【主编评语】氧化三甲胺（TMAO）是研究较多的肠道菌群衍生代谢物，Diabetes Care近期发表的一项临床试验表明，尽管减肥期间TMAO及其前体的减少可能有益于心血管健康，但对骨骼健康却可能有不利影响，需要后续深入研究。（@李丹宜）
Nature子刊：一种拟杆菌门产生的新型抗菌肽
Nature Communications[IF:11.878]
① 鉴定出一类由拟杆菌门物种产生的广谱多肽毒素——bacteroidetocins；② bacteroidetocins与革兰氏阳性菌产生的IIa类细菌素相关，可杀伤拟杆菌门的成员（包括拟杆菌属、普氏菌属等菌属中的肠道共生物种，以及致病性普氏菌属物种）；③ bacteroidetocins生物合成基因存在于可水平转移的可移动元件中，因此在人群中广泛存在；④ bacteroidetocins或可用于治疗细菌性阴道炎及牙周病等感染性疾病。
A family of anti-Bacteroidales peptide toxins wide-spread in the human gut microbiota
08-01, doi: 10.1038/s41467-019-11494-1
【主编评语】Nature Communications上发表的一项最新研究，鉴定出了一种由拟杆菌门物种产生的新型广谱抗菌多肽毒素，广泛存在于人群中，并可杀伤拟杆菌门的多个成员。（@沈志勋）
在细菌基因组中寻找活性噬菌体——Prophage Hunter
Nucleic Acids Research[IF:11.147]
① Prophage Hunter一种从细菌全基因中寻找活性前噬菌体的网页工具；② 结合序列相似性的匹配和遗传特征的机器学习分类开发新的评分系统，在验证数据集上预测活性前噬菌体中表现出比当前工具更高的准确性；③ 也可以选择跳过相似性匹配，以便更高机会发现新型噬菌体；④ Prophage Hunter提供一站式网络服务，包括从细菌基因组中预测前噬菌体、提取前噬菌体基因组，评估前噬菌体的活性、鉴定系统发育相关的噬菌体和注释噬菌体蛋白的功能。
Prophage Hunter: an integrative hunting tool for active prophages
05-22, doi: 10.1093/nar/gkz380
【主编评语】鉴定活性前噬菌体对于研究噬菌体和细菌的共同进化、噬菌体生理学和生物化学以及用于多种应用的工程设计噬菌体至关重要的。Prophage Hunter提供一站式网络服务，从细菌基因组中提取前噬菌体基因组、评估前体的活性、鉴定系统发育相关的噬菌体和注释噬菌体蛋白的功能。可以访问 https://pro-hunter.bgi.com/ 免费使用Prophage Hunter。（@刘永鑫）
胶囊式粪菌移植后，患者肠道菌群如何变化
mBio[IF:6.747]
① 纳入18名接受口服胶囊粪菌移植（cFMT）后恢复健康的艰难梭菌感染患者；② 61%的患者在cFMT后一周即呈现高水平的供体细菌植入，其菌群与供体的相似性≥70%，可持续一年；③ 22%的患者在治疗1个月后供体细菌植入水平降低，17%的患者中供体细菌植入发生延迟且水平较低；④ cFMT后患者菌群与供体的相似程度，与拟杆菌属、副拟杆菌属和粪杆菌属的相对丰度显著正相关；⑤ cFMT后一年，患者间的菌群组成依供体不同而呈现显著差异。
Durable Long-Term Bacterial Engraftment following Encapsulated Fecal Microbiota Transplantation To Treat Clostridium difficile Infection
07-23, doi: 10.1128/mBio.01586-19
【主编评语】用口服胶囊的形式进行粪菌移植（cFMT），可简单便捷的治疗艰难梭菌感染（CDI），mBio近期发表的一项研究对接受cFMT的CDI患者进行长达1年的随访，分析其肠道菌群变化，揭示出供体菌群对受体菌群的持久影响，鉴定出拟杆菌属在维持受体菌群与供体相似性中具有关键作用。（@李丹宜）
感谢本期日报的创作者：Echo，沈志勋，李丹宜，刘永鑫，吴芹
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