生信媛公众号文章目录

公众号缘起

• 《从入门到走火入魔，一个做湿实验的生物汪自学生物信息嬗变为生信媛的故事》  by  生物女博士

• 《所有人问生信媛》  by  所有人问

课程系列

Biostar课程

• 《【课程预告】手把手教你入门生信——The Biostar Handbook》  by  生物女博士

• 《课程1、2-Linux中生信分析常用命令入门》  by  István Albert

• 《课程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安装及使用》  by  István Albert

• 《课程5、6-编写可重复使用的脚本》  by  István Albert

• 《课程7、8-二代测序质控：fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk》  by  István Albert

• 《课程9、10-测序文件的质控&在线序列比对》  by  István Albert

• 《课程11、12-下载序列，建blast数据库以及本地blast》  by  István Albert

• 《课程13、14-常用的mapping软件bwa & sam格式简介》  by  István Albert

• 《课程15、16-samtools简介&利用readseq对GenBank文件格式转换》  by  István Albert

• 《课程17、18-awk进行简单的编程&序列比对软件bwa和bowtie2》  by  István Albert

• 《课程19、20-利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling》  by  István Albert

• 《课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释》  by  István Albert

• 《课程23、24-SNP calling》  by  István Albert

• 《课程25、26-bedtools的安装和使用》  by  István Albert

• 《课程27、28-RNAseq分析》  by  István Albert

• 《课程29、30（大结局）-差异表达分析以及用ErmineJ做GO》  by  István Albert

基因组分析·Circos作图基础

• 《预告：基因组分析》  by  三土

• 《基因组分析·Circos作图基础（一）》  by  三土

• 《基因组分析：Circos作图基础（二）》  by  三土

• 《基因组分析：Circos作图基础（三）》  by  三土

• 《基因组分析：共线性作图》  by  三土

我的Linux学习笔记

• 《我的Linux学习笔记·序》  by  阿现

• 《我的Linux学习笔记·Linux操作系统基础》  by  阿现

• 《我的Linux学习笔记·Bash特性和文件名通配》  by  阿现

• 《我的Linux学习笔记·文件权限》 by  阿现

• 《我的Linux学习笔记·用户和组（1）》  by  阿现

• 《我的Linux学习笔记·用户和组（2）》  by  阿现

• 《Linux修改目录颜色》  by  阿现

• 《eval—一层一层剥开我的心》  by  阿现

小白生信学习记

• 《小白生信学习记1： 转录组基本知识及简单的linux命令入门》  by  生物女博士

• 《小白生信学习记2：服务器及其使用介绍》  by  生物女博士

• 《小白生信学习记3：转录组分析流程》  by  生物女博士

• 《小白生信学习记4：Linux系统下，RNAseq分析软件的安装》  by  生物女博士

• 《小白生信学习记5：HTseq的安装》  by  生物女博士

Linux

• 《Linux shell trick for bioinformatics 系列文章之一》

• 《linux shell tricks for bioinformatics系列文章之二》  by  天地本无心

• 《linux shell tricks for bioinformatics系列文章之三： 内附部分sRNAs分析pipeline》  by  天地本无心

• 《我谨慎地使用了rm -fr，为什么还是导致了灾难？》  by  天地本无心

• 《find和xargs连用虽好，但用起来要小心哦～》  by  天地本无心

• 《生信分析中基本Linux命令的使用》  by  徐洲更

• 《欲用神器，必练内功》  by  徐洲更

• 《生信数据预处理的Linux三大神器》  by  徐洲更

• 《写了100多个shell脚本的老司机的翻车之旅》  by  徐洲更

Python

• 《生信媛全家福》  by  生物女博士

• 《用Rodeo——python里面的rstudio，打造数据分析和可视化的利器》  by  天地本无心

• 《用python制作抽奖券，附全部代码》  by  天地本无心

• 《用python爬取一个网站的所有生物信息学习资料，附代码》  by  天地本无心

• 《来一张微信好友头像全家福吧》  by  徐洲更

• 《用Python做爬虫：基础知识篇》  by  徐洲更

• 《Python如何解析fasta格式，并储存为字典？》  by  徐洲更

• 《如何“开始”学Python》  by  徐洲更

• 《利用Python进行数据分析笔记（一）》  by  徐洲更

• 《像学R一样学Python数据分析》  by  徐洲更

• 《像学R一样学Python（高级数据管理)》  by  徐洲更

• 《Python数据分析之分组运算》  by  徐洲更

• 《祝我生日快乐》  by  徐洲更

• 《听说你想学Python》  by  徐洲更

• 《pandas包里面的一个bug》  by  天地本无心

R

• 《R语言的数据管理》  by  徐洲更

• 《Bioconductor序列数据介绍》  by  Sonali ,Martin

• 《如何使用R的apply》  by  徐洲更

• 《如何用bioconductor进行注释》  by  徐洲更

• 《Y叔的新玩意—yyplot》  by  徐洲更

• 《你还在用韦恩图可视化集合么？》  by  徐洲更

• 《深入学习ggtree: read.tree()是如何解析newick数据格式》  by  徐洲更

• 《R：关系型数据库管理》  by  徐洲更

• 《编程语言 | R代码风格》  by  徐洲更

• 《我的R包：zgtools使用指北》  by  徐洲更

Perl

• 《perl模块异常symbol lookup error的解决方式》  by  赵运通

算法

• 《算法导论 | 循环不变式与插入排序》  by  徐洲更

JavaScript

• 《编程语言 | JavaScript 学习（一）》  by  徐洲更

高通量数据分析

转录组分析

• 《绕过root权限，如何使用GFOLD进行差异表达分析一：GFOLD的安装》  by  生物女博士

• 《差异基因表达分析(上)》  by  徐洲更

• 《基因表达分析（中）-富集分析》  by  徐洲更

• 《基因表达分析（前传）-准备count矩阵》  by  徐洲更

• 《是时候来一波RNA-Seq差异表达分析实操了》  by  徐洲更

• 《新司机带你学RNA-Seq数据分析》  by  徐春晖

• 《（伪）从零开始学转录组：软件安装》  by  徐洲更

• 《（伪）从零开始学转录组：读文章拿到测序数据》  by  徐洲更

• 《转录组入门(3)：了解fastq测序数据》  by  徐洲更

• 《我的转录组学习小书》  by  徐洲更

• 《（伪）从零开始学转录组（5） 序列比对》  by  徐洲更

• 《（伪）从零开始学转录组：了解参考基因组及基因注释》  by  徐洲更

• 《转录组入门(6)： reads计数》  by  徐洲更

• 《（伪）从零开始学转录组（7）：差异基因表达分析》  by  徐洲更

• 《(伪）从零开始学转录组（8）：富集分析》  by  徐洲更

• 《水稻如何做KEGG富集分析》  by  徐洲更

• 《RNA-Seq选择参考基因组》  by  刘小健

• 《要来杯RNA鸡尾酒吗？》  by  徐洲更

• 《Read Counts的提取—高通量测序数据处理学习记录（二）》  by  徐春晖

• 《比对软件STAR的使用—高通量测序数据处理学习记录（一）》  by  徐春晖

单细胞测序数据分析

• 《单细胞测序数据分析：软件安装篇》  by  徐洲更

GATK

• 《快速入门GATK》  by  徐洲更

• 《GATK之BaseRecalibrator》  by  徐洲更

• 《GATK之HaplotypeCaller》  by  徐洲更

• 《GATK之FastaStats和CountReads》  by  徐洲更

• 《GATK之SelectHeaders和RandomlySplitVariants》  by  徐洲更

• 《落入窠(ke)臼(jiu)：GATK best practice每个步骤都是必须的吗？》  by  洲更与阿尔的太阳

ChIP-Seq

• 《一文学会ChIP-Seq数据分析（想想也不可能）》  by  徐洲更

高通量数据分析·其他

• 《生信软件的好帮手-bioconda》  by  徐洲更

• 《ANNOVAR的使用》  by  徐春晖

• 《关于序列联配的清单》  by  徐洲更

• 《世上没有白走的路，每一步都算数》  by  徐洲更

• 《什么，你嫌bioconda下载速度太慢？》  by  徐洲更

• 《生信蓝领，一个不舍得分享的高通量数据分析框架》  by  徐洲更

生信·其他

• 《系统进化树构建的简单实践》  by  徐洲更

• 《你知道什么叫做BLAST吗》  by  徐洲更

• 《课题做不下去怎么办（植物篇）？》  by  徐洲更

• 《从NCBI下载测序数据 | 也许是目前最详细的版本》  by  生物女博士

统计

• 《由两类错误所带来思考》  by  徐洲更

• 《我是如何做生物统计作业的》  by  徐洲更

• 《方差分析》  by  徐洲更

• 《我是如何做生统作业的-2014试题》  by  徐洲更

• 《我是如何做生统作业的-2015年试题》  by  徐洲更

• 《我是如何做生统作业的-答案修正版》  by  徐洲更

遗传

• 《小明的GWAS情劫》  by  呵呵哒1974

• 《我就是Super Star——基因定位之BSA》  by  李广伟

严肃活泼

• 《我开发了一个不完善的功能》  by  徐洲更

• 《基因查找者v1.5》  by  徐洲更

• 《有了它，再也不怕斗图了》  by  徐洲更

• 《和我一起搭建个人博客吧（一）》  by  徐洲更

• 《和我一起搭建个人博客吧（二）》

• 《3步搭建个人博客》  by  徐洲更

• 《利用Docker搭建Galaxy》  by  徐洲更

• 《我想买一台Mac》  by  徐洲更

• 《如何用好MacOS(一)》  by  徐洲更

• 《七夕快到了，我们做题目吧》  by  徐洲更

• 《友军生信技能树居然要进军婚恋市场》  by  徐洲更

• 《基因能告诉我什么》  by  徐洲更

围炉杂谈

• 《生信人修炼手册》  by  徐洲更

• 《我的一些胡思乱想》  by  徐洲更

• 《D2多巴胺受体和王者荣耀》  by  徐洲更

• 《如何成为一名合格的司机》  by  徐洲更

• 《速度是70迈，心情是自由自在》  by  徐洲更

• 《科学网：如何姿势正确的抄袭他人代码？》  by  徐洲更