刘占举等Nature子刊：迄今最大规模的东亚IBD遗传研究 | 热心肠日报
今天是第2526期日报。
刘占举等Nature子刊：迄今最大规模的东亚IBD遗传研究
Nature Genetics[IF:41.307]
① 开展迄今最大规模的东亚人（EAS）IBD遗传研究（14393例IBD+15456例对照），鉴定出80个EAS人群IBD遗传位点（含16个新位点）；② 与37万欧洲人（EUR）（~3万例IBD）做荟萃分析，鉴定出320个IBD位点，含81个新发现的；③ 在EAS中富集的编码区变异提示了新的IBD基因，包括ADAP1和GIT2；④ IBD的遗传效应在EAS和EUR间大体一致，但相较于UC，CD风险基因有更强的血统依赖性（如EUR中的NOD2、EAS中的TNFSF15）；⑤ 纳入EAS和EUR数据建立IBD多基因风险评分，有效提高了预测准确性。
Genetic architecture of the inflammatory bowel diseases across East Asian and European ancestries
05-08, doi: 10.1038/s41588-023-01384-0
【主编评语】炎症性肠病（IBD）包含克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC）两种亚型。目前大多数IBD的遗传关联研究都是基于欧洲（EUR）血统人群开展的，东亚（EAS）血统人群的研究很不充分。Nature Genetics最新发表了同济大学医学院附属上海市第十人民医院刘占举团队、广州医科大学第三附属医院李明松团队与国外合作者的重要研究，进行了迄今最大规模的EAS人群的IBD全基因组关联分析，并与EUR人群的数据进行联合分析和对比，鉴定出IBD的新风险位点。结合不同血统人群（EAS和EUR）数据建立的多基因风险评分，表现出更好的IBD预测准确性。（@mildbreeze）
补体因子B遗传变异如何增加肛周克罗恩病风险？
Gut[IF:31.793]
① 荟萃分析三个独立队列的4056例肛周克罗恩病（pCD）和11088例CD患者；② 肛周并发症与结肠受累、OmpC和ASCA血清学、及血清学四分位评分相关；③ pCD风险基因rs4151651，补体因子B（CFB）的一个非同义SNP（G252S）有遗传关联；④ 相比G252 CFB，重组的丝氨酸252（S252）CFB与C3b结合减少，裂解功能受损，补体驱动的吞噬和细胞因子分泌减少，S252在CFB中产生一个新糖基化位点；⑤ 相比非风险血清，来自纯合风险患者的血清中巨噬细胞吞噬功能显著降低。
Genetic coding variant in complement factor B (CFB) is associated with increased risk for perianal Crohn’s disease and leads to impaired CFB cleavage and phagocytosis
04-20, doi: 10.1136/gutjnl-2023-329689
【主编评语】肛周克罗恩病 (pCD) 在CD 患者中发病率高达40%，且与生活质量差、治疗效果差及对其病因知之甚少等有关。近日，发表在Gut上的这篇文章，对pCD患者进行了遗传关联研究，通过比较患有和没有肛周疾病的CD受试者，并对补体因子B(CFB)中的 pCD相关的SNP进行功能性随访研究，发现CFB的遗传编码变异与肛周克罗恩病风险增加相关，导致CFB裂解和吞噬功能受损。（@圆圈儿）
Cell子刊：新生儿派氏结的适应性免疫如何启动？
Immunity[IF:43.474]
① 分析新生儿肠道免疫的主要诱导位点——小肠派氏结 (PP)中的单核吞噬细胞(MNPs)；② 传统的1型和2型树突状细胞(cDC1和cDC2)和RORgt+抗原呈递细胞(RORgt+ APC)在亚群组成、组织分布和细胞成熟降低方面随年龄而变化，导致出生后缺乏CD4+T细胞启动；③ 微生物线索不能完全解释MNP成熟的差异；④ I型干扰素(IFN)加速MNP成熟，但IFN信号不代表生理刺激；⑤ 卵泡相关上皮(FAE)的M细胞分化才能驱动断奶后PP的MNP成熟。
M cell maturation and cDC activation determine the onset of adaptive immune priming in the neonatal Peyer’s patch
05-01, doi: 10.1016/j.immuni.2023.04.002
【主编评语】Immunity近期发表的文章，发现出生后肠道微生物与宿主相互作用的建立并不是由早期微生物定植驱动的，而是由派氏结 M细胞和抗原呈递细胞的成熟驱动的。（@章台柳）
Nature Reviews：生命早期的菌群-免疫系统互作（综述）
Nature Reviews Immunology[IF:108.555]
① 胎儿发育期，母体的肠道菌群通过产生短链脂肪酸及其它代谢产物影响胎儿的免疫细胞；② 婴儿的免疫系统专为早期生命挑战而设计，婴儿期肠道菌群的组成深受出生方式和营养所影响，出生和断奶是肠道菌群和免疫系统发育的两大关键；③ 特定菌群作用于TH17细胞和Treg细胞等免疫系统的各个分支；④ 肠道菌群成熟的时间也重要，菌群的过早多样化可导致免疫系统过度活跃和应答失调；⑤ 肠道菌群组成与特应性疾病相关，应关注特定的菌群-免疫互作。
Early-life interactions between the microbiota and immune system: impact on immune system development and atopic disease
05-03, doi: 10.1038/s41577-023-00874-w
【主编评语】Nature Reviews Immunology上发表的一篇综述，详细介绍了在生命早期免疫系统及菌群的发育成熟过程中的相互作用，并讨论了生命早期的菌群-免疫互作在特异性疾病的发生发展中发挥的重要作用。（@aluba）
姜炎+吴仲文+任志刚：口腔真菌标志物鉴定新冠阳性
Advanced Science[IF:17.521]
① 收集71名COVID-19患者、36名疑似病例、22名COVID-19康复患者、36名康复疑似病例和132名对照组的舌苔标本研究口腔真菌变化；② 与对照组相比，COVID-19患者口腔真菌丰富度增加，子囊菌门和担子菌门比例较高，白色念珠菌属、酵母菌属和Simplicillium属等机会致病菌显著增加；③ 基于两种OTU建立可区分COVID-19患者和对照组的分类模型，可区分患者与健康对照；④ 该模型还能成功从疑似病例中诊断COVID-19患者。
Oral Fungal Alterations in Patients with COVID-19 and Recovered Patients
04-29, doi: 10.1002/advs.202205058
【主编评语】这是发表在Advanced Science上的一份工作，由热心肠智库专家任志刚及其合作伙伴完成。他们针对新冠患者、康复患者、疑似病例、疑似病例康复者以及健康对照的舌苔样本进行了ITS测序，以评估其真菌组的变化。他们发现新冠患者的真菌组的多样性进一步增加，子囊菌门和担子菌门占比进一步上升，机会致病菌白色念珠菌属、酵母菌属和Simplicillium属风度增加。其中通过分类预测模型发现两个长隐球菌OTU（OTU4和OTU925）可作为区分新冠患者的生物标志物。（@Johnson）
新冠患者康复后功能性消化不良和肠易激综合征发生率多高？（荟萃分析）
Alimentary Pharmacology and Therapeutics[IF:9.524]
① 纳入10项研究，调查感染新冠病毒患者康复后功能性消化不良（FD）和肠易激综合征（IBS）的疾病负担；② 4项研究共1199例新冠患者中，72例康复后患FD，相比对照组，3项研究的患者发展成FD的合并OR值为8.07；③ 10项研究共2763例新冠患者中，195例康复后患IBS，相比对照组，4项研究的患者发展成IBS的合并OR为6.27；④ 仅纳入前瞻性新冠患者队列的3项研究，IBS发生的合并OR为12.92；⑤ 相比对照组，新冠康复患者有发生IBS的风险，FD尚无明确数据。
Meta-analysis: Post-COVID-19 functional dyspepsia and irritable bowel syndrome
04-10, doi: 10.1111/apt.17513
【主编评语】新冠感染后功能性消化不良（FD）和肠易激综合征（IBS）的负担尚不清楚。近日，意大利博洛尼亚大学研究人员在Alimentary Pharmacology and Therapeutics发表最新研究，纳入10项研究，调查感染新冠病毒患者康复后FD和IBS的疾病负担，发现未感染的受试者相比，COVID-19患者患肠易激综合征的风险更高，值得关注。（@九卿臣）
张烜+王军：未经治疗的原发性干燥综合征患者的肠道菌群失调
Journal of Autoimmunity[IF:14.511]
① 纳入78名pSS患者、78名匹配的健康对照、49名SLE患者，对粪便菌群进行对比分析；② pSS患者肠道菌群丰富度和均匀度较低，群落分布与健康对照显著不同，唾液乳杆菌是pSS中最具鉴别性的富集菌，特别是在间质性肺病患者中；③ pSS患者的肠道菌群功能改变，毒力基因和具有模仿pSS自身抗原表位潜力的微生物肽富集；④ pSS与SLE的肠道菌群特征有许多相同的变化，但与健康对照相比，扭链瘤胃球菌在pSS中减少，在SLE中增加。
Compositional and functional aberrance of the gut microbiota in treatment-naïve patients with primary Sjögren's syndrome
04-28, doi: 10.1016/j.jaut.2023.103050
【主编评语】北京医院的张烜团队与中国科学院微生物所的王军团队在Journal of Autoimmunity上发表的一项最新研究结果，对比了原发性干燥综合征（pSS）患者、系统性红斑狼疮（SLE）患者及健康对照的肠道菌群组成及功能的差异。（@aluba）
Lancet子刊：胃肠道病原体综合分子即时检测助力肠胃炎快速诊断
The Lancet Infectious Diseases[IF:71.421]
① 招募278名疑似胃肠炎患者，138人行综合分子即时检测（mPOCT），140人常规检测；② mPOCT组单人隔离病房入住时间为1.8天，得到检验结果的中位时间为1.7h，解除隔离需0.6天，最终有65%的患者使用抗生素；对照组上述各指标分别为2.6天、44.7h、2.2天、47%使用抗生素，组间均有显著差异；③ 住院时长、死亡率、入住重症监护室或再次入院率组间未见显著差异；④ mPOCT检测比传统方法更快得到结果，缩短隔离时间，但增加了抗生素的使用。
Clinical impact of syndromic molecular point-of-care testing for gastrointestinal pathogens in adults hospitalised with suspected gastroenteritis (GastroPOC): a pragmatic, open-label, randomised controlled trial
04-25, doi: 10.1016/S1473-3099(23)00066-X
【主编评语】腹泻是胃肠道常见病，可有多种病原体引起，也可由许多其他疾病和药物引起。因此，准确诊断腹泻病因有助于患者的治疗以及潜在传染风险的控制。基于粪便样本的胃肠道病原体检测耗时较长，而直肠拭子结合综合分子即时检测（mPOCT）或可快速得到诊断结果。英国南安普顿大学研究人员近日在The Lancet Infectious Diseases发表了GastroPOC试验的结果，表明与传统检测相比，mPOCT能够更快返回疑似肠胃炎患者的胃肠道病原体检测结果，可减少单人隔离病房的使用时间。本研究还发现mPOCT增加了抗生素的总体使用量，未来需要进一步研究以评估其影响。（@芥末）
Lancet子刊：重新定义艰难梭菌感染的抗生素应答和临床结局（观点）
The Lancet Infectious Diseases[IF:71.421]
① 目前对CDI治疗的成功应答的定义为：每天3次或更少次数的大便不成形（UBM），持续1-2天；② 为优化试验设计，评估持续应答，建议在初级CDI治疗结束后第2天（即在10天疗程的第11天和第12天评估）进行初步应答的评估；③ 初步应答的定义为：每天3次或更少次数的UBM，或每天UBM减少50%以上，或造瘘术患者的排便量减少75%以上，或Bristol粪便形式量表达到1-4型；④ 持续应答的定义为：初级CDI治疗后30天，仍维持初始应答，且无需再次治疗。
Redefining Clostridioides difficile infection antibiotic response and clinical outcomes
04-13, doi: 10.1016/S1473-3099(23)00047-6
【主编评语】目前对艰难梭菌感染（CDI）治疗有效的定义尚未经过验证，不能反映CDI治疗情况，可能影响30天时对治疗成功的评估。The Lancet Infectious Diseases上发表的一篇观点，对CDI治疗的成功应答（包括初步应答及持续应答）的定义给出了新的建议。（@aluba）
肠道胆汁酸可抑制中低剂量的艰难梭菌毒素
PNAS[IF:12.779]
① 小鼠肠道（包括小肠、盲肠、结肠）及粪便内容物中的小分子提取物均可抑制艰难梭菌毒素B（TcdB）；② 抗生素处理后小鼠及无菌小鼠的肠道提取物仍保留了抑制TcdB的能力；③ 机制上，小分子提取物中的胆汁酸可抑制TcdB，高剂量的TcdB（常见于严重艰难梭菌感染期间）可克服胆汁酸对其的抑制作用；④ 人粪便提取物中的胆汁酸水平与其对TcdB的保护作用呈正相关。
Intestinal bile acids provide a surmountable barrier against C. difficile TcdB-induced disease pathogenesis
05-01, doi: 10.1073/pnas.2301252120
【主编评语】PNAS上发表的一项最新研究结果，发现小鼠的肠道及粪便胆汁酸提取物可抑制艰难梭菌毒素，且抗生素处理小鼠及无菌小鼠中的肠道提取物也有抑制作用。进一步研究确认，胆汁酸发挥了抑制艰难梭菌毒素的作用，但高浓度的艰难梭菌毒素可克服胆汁酸的保护作用。（@aluba）
感谢本期日报的创作者：mildbreeze，阿当，往、昔℡，Jenny，WK红叶，aluba
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