9篇近期好文，全面了解呼吸道和皮肤菌群进展 | 热心肠日报
今天是第1454期日报。
呼吸道中的核心耐药组
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine[IF:16.494]
① 收集慢性呼吸道疾病（严重哮喘、COPD、支气管扩张）患者及健康对照的呼吸道样本，并收集患者的吸入器样本进行宏基因组测序分析；② 呼吸道核心耐药组以大环内酯类抗生素耐药基因为主，并包括β-内酰胺、氟喹诺酮及四环素耐药基因，核心耐药组不受疾病状态及抗生素暴露的影响；③ 链球菌属与放线菌属为大环内酯类抗生素耐药基因（ermX、ermF、msrD等）的潜在储存库；④ 患者的呼吸道样本与其使用的吸入器之间，菌群及耐药组与有着显著重叠。
Metagenomics Reveals a Core Macrolide Resistome Related to Microbiota in Chronic Respiratory Disease
04-22, doi: 10.1164/rccm.201911-2202OC
【主编评语】《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》上发表的一项最新研究，对患有严重哮喘、慢性阻塞性肺病（COPD）、支气管扩张等慢性呼吸道疾病的患者及健康人的呼吸道样本进行宏基因组分析，鉴定出了一类以大环内酯类抗生素耐药基因为主的核心耐药组，该核心耐药组与疾病状态及抗生素暴露无关。另外，通过对比分析患者的呼吸道样本及其使用的吸入器，发现两者之间的菌群及耐药组有着很大的重叠，提示吸入器菌群可作为替代，用于评估慢性呼吸道疾病患者的呼吸道菌群。（@szx）
痰液菌群与COPD患者的疾病表型及死亡率相关
Journal of Allergy and Clinical Immunology[IF:14.11]
① 纳入253名临床稳定的COPD患者，中位随访4年，收集痰液样本进行菌群分析；② 变形菌门为主的菌群特征及较低的菌群多样性与更严重的COPD、更频繁的恶化、较少的血液嗜酸性粒细胞、较低的FEV1相关；③ 血液嗜酸性粒细胞计数与厚壁菌门及链球菌属呈正相关，与变形菌门及嗜血杆菌属呈负相关；④ 相比于平衡的菌群特征或厚壁菌门为主的菌群特征，变形菌门为主的菌群特征与更高的死亡率相关；⑤ 变形菌门为主的菌群特征与中性粒细胞活化相关。
The Sputum Microbiome, Airway Inflammation and Mortality in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
02-20, doi: 10.1016/j.jaci.2020.02.040
【主编评语】《Journal of Allergy and Clinical Immunology》上发表的一项纵向队列研究结果，对253名慢性阻塞性肺病（COPD）患者跟踪随访4年，发现痰液菌群特征与患者的临床表型、呼吸道炎症及死亡率相关，变形菌门为主的菌群特征与更严重的疾病表型、更高的死亡率及呼吸道炎症的增强相关。（@szx）
痰液菌群与哮喘患者的临床特征相关
Journal of Allergy and Clinical Immunology[IF:14.11]
① 纳入100名严重哮喘患者，随访12-18个月，在随访开始及结束时分别收集其痰液样本；② 根据随访开始时的痰液菌群组成，可将患者分为2组——cluster1与cluster2；③ 2组患者的哮喘发作、吸烟状态、居住地、血液/痰液中的中性粒细胞及巨噬细胞百分比、肺功能、哮喘药物使用均存在显著差异；④ cluster2组患者的痰液菌群丰富度及α-多样性降低，共生菌群缺失，并与较差的哮喘结局相关；⑤ 随访结束后，大多数患者的痰液菌群特征维持稳定。
Sputum microbiome profiles identify severe asthma phenotypes of relative stability at 12-18 months
04-09, doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.018
【主编评语】《Journal of Allergy and Clinical Immunology》上发表的一项纵向队列研究结果，对100名严重哮喘患者的痰液菌群进行分析，根据菌群特征将患者分为2组，发现其中1组的菌群特征与更严重的哮喘表型相关。另外，患者的痰液菌群特征可在12-18个月的随访期内维持相对稳定。（@szx）
复旦大学：短期臭氧暴露如何影响呼吸道
European Respiratory Journal[IF:11.807]
① 纳入30名健康年轻成年受试者，按随机顺序分别暴露于过滤空气及200 ppb臭氧中，持续2小时，中间间隔2周的清洗期；② 相比于过滤空气，暴露于臭氧2小时后，受试者的血清Clara细胞蛋白（CC16）水平显著增加了41.93%，并可持续至暴露后15小时；③ 臭氧暴露显著降低受试者鼻细菌群落的丰富度及均匀度，改变鼻菌群组成，减少放线菌门及厚壁菌门的相对丰度；④ 臭氧暴露显著改变呼吸道表面液体中的代谢组，显著增加葡萄糖、D-甘油酸及乳酸。
Ozone exposure leads to changes in airway permeability, microbiota and metabolome: a randomised, double-blind, crossover trial
04-16, doi: 10.1183/13993003.00165-2020
【主编评语】有研究表明，臭氧污染与呼吸道疾病风险增加相关，但背后的机制尚未明确。复旦大学阚海东团队在《European Respiratory Journal》上发表的一项随机双盲交叉试验，发现2小时的短期臭氧暴露可增加呼吸道上皮的渗透性，该变化与肺功能受损相关。同时，臭氧可改变呼吸道菌群的组成及多样性，并导致呼吸道代谢组的变化。（@szx）
国内团队：流感患者继发细菌感染，源头在哪？
Emerging Microbes and Infections[IF:6.212]
① 纳入北京2017-2018年52例流感患者和24名健康人进行病例对照研究；② 相比健康对照，流感患者鼻咽拭子菌群的分类学丰富度明显较低；③ 61%重症、24%轻症和29%健康对照的鼻咽部检测到超优势致病菌属（SDPG，相对丰度>50%）；④ 从10例患者的下呼吸道感染部位分离出与鼻咽SDPG一致的菌种，且能从两个部位的样本中分离出相同的菌株，包括鲍氏不动杆菌、肺炎克雷伯菌、绿脓杆菌和纹带棒杆菌；⑤ 鼻咽菌群中的SDPG或是流感患者继发性细菌感染的原因。
Super-dominant pathobiontic bacteria in the nasopharyngeal microbiota as causative agents of secondary bacterial infection in influenza patients
03-17, doi: 10.1080/22221751.2020.1737578
【主编评语】流感可能导致继发细菌性肺炎，但这些致病细菌的来源尚不完全清晰。国家疾控中心Jianguo Xu团队和北京协和医院Taisheng Li团队近期在《Emerging Microbes and Infections》发表病例对照研究，认为鼻咽菌群中的超优势致病菌，可能是引起流感患者继发细菌感染的来源。（@mildbreeze）
鼻子里的核心菌群长啥样？
Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology[IF:6.771]
① 采用16S rRNA测序和标准化方法，分析9个国家14个地区410人的鼻窦菌群；② 尽管存在个体间差异性，但在健康和慢性鼻窦炎（CRS）人群的鼻窦菌群中都普遍存在5个核心菌属：棒状杆菌、葡萄球菌、链球菌、嗜血杆菌和莫拉菌；③ 棒状杆菌和葡萄球菌在大多数人中是优势菌属，鼻息肉CRS患者中棒状杆菌的相对丰度显著降低；④ 这种核心菌群特征存在于不同国家和疾病表型（哮喘、糖尿病等）的人群中。
The international sinonasal microbiome study: A multicentre, multinational characterization of sinonasal bacterial ecology
03-13, doi: 10.1111/all.14276
【主编评语】《Allergy》近期发表了一项多国合作研究，分析了来自9个国家14个中心共410名受试者的鼻窦菌群组成，鉴定出普遍存在的5个核心菌属，分析了菌群组成与疾病之间的潜在关联。（@mildbreeze）
对健康人皮肤菌群的分离培养与鉴定
Microbiome[IF:10.465]
① 利用12种培养条件，从17名健康人的皮肤不同部位中分离出842个菌株（包括细菌与真菌）；② 这些菌株属于超过30个细菌属及14个真菌属，最常见的为葡萄球菌属及微球菌属；③ 选取部分菌株，在皮肤化合物作为唯一碳源的情况下分析其代谢活性；④ 皮肤菌群可利用多种类型的化合物，包括氨基酸、甾体、脂质及个人护理产品中的分子（例如奥克立林）；⑤ 在系统发生上相似的细菌，对不同碳源也可能有着不同的代谢能力。
Isolation and characterization of diverse microbial representatives from the human skin microbiome
04-22, doi: 10.1186/s40168-020-00831-y
【主编评语】来自《Microbiome》上发表的一项最新研究，利用不同的培养条件从健康人的不同皮肤部位分离出了800多株细菌与真菌，并分析了部分菌株对皮肤化合物的代谢能力。（@szx）
伤口菌群组成可能影响愈合速度
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:6.333]
① 纳入20名慢性创伤患者，在清创术前后，分别对患者的伤口表面菌群及健康皮肤菌群进行分析；② 清创术前的伤口表面菌群与单次清创术后并无显著差异，提示清创术可能不会直接影响伤口菌群；③ 6个月后，8名患者的伤口愈合，12名患者的伤口未愈合；④ 需氧菌（特别是兼性厌氧菌）与6个月内未愈合的伤口显著相关，兼性厌氧菌——肠杆菌属的富集与未愈合伤口显著相关。
Microbial predictors of healing and short-term effect of debridement on the microbiome of chronic wounds
05-01, doi: 10.1038/s41522-020-0130-5
【主编评语】感染及生物膜形成是阻碍伤口愈合的两大因素，清创术是治疗慢性创伤的常用有效手段。《NPJ Biofilms and Microbiomes》上发表的一项最新研究，发现清创术并未直接改变慢性创伤患者的伤口表面菌群，而伤口表面菌群组成与伤口愈合速度相关，兼性厌氧菌（如肠杆菌属）的富集与较慢的伤口愈合相关。（@szx）
皮肤鳞状细胞癌或与金黄色葡萄球菌过剩有关
Cancers[IF:6.162]
① 分析13例基底细胞癌（BCC）、25例光化角质病（AK）、22例皮肤鳞状细胞癌（SCC）组织样本和28例健康皮肤样本；② 相比健康皮肤，肿瘤样本的α-多样性显著增加，丰度依次为AK>SCC>BCC；③ AK与SCC菌群组成相似，以金黄色葡萄球菌（S. aureus）为主；④ SCC为典型的晚期肿瘤，常由AK发展而来，其人β防御素2（hBD-2）表达升高与S. aureus丰度过高显著相关；⑤ 结合细胞实验证实，S. aureus过度生长可增加hBD-2表达而促进肿瘤细胞生长。
Molecular Profiling of Keratinocyte Skin Tumors Links Staphylococcus aureus Overabundance and Increased Human β-Defensin-2 Expression to Growth Promotion of Squamous Cell Carcinoma
02-26, doi: 10.3390/cancers12030541
【主编评语】皮肤微生物群对人体健康至关重要，但其对皮肤肿瘤的作用尚不明确。最新发表在《Cancers》的研究比较了人类主要非黑素瘤皮肤癌，光化角质病（AK）、皮肤鳞状细胞癌（SCC）和基底细胞癌（BCC）组织标本的微生物群落组成。该研究发现以金黄色葡萄球菌过剩为代表的SCC中微生物群落组成的改变，可能通过调节人β防御素2（hBD-2）的表达来促进肿瘤细胞的生长。（@Lexi）
感谢本期日报的创作者：szx，this little piggy
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