肠道共生真菌，如何成为酒精性肝病的幕后黑手？| 热心肠日报
今天是第1269期日报。
白色念珠菌产生的毒素，促进酒精性肝病
Journal of Hepatology[IF:18.946]
① 与正常对照和酒精使用障碍患者相比，酒精性肝炎患者粪便中，白色念珠菌和编码念珠菌素的ECE1基因增多；② 小鼠中，白色念珠菌产生的念珠菌素可加重酒精诱导的肝病，增加死亡率；③ 该作用不依赖于肝脏巨噬细胞等髓源性细胞的CLEC7A（识别真菌表面β-葡聚糖的受体）信号，也不影响肠道屏障功能；④ 念珠菌素对原代肝细胞可造成剂量依赖性损伤，表明其在酒精诱导性肝病中有直接作用；⑤ 酒精性肝炎患者中，念珠菌素与疾病严重程度和死亡率相关。
The Candida albicans exotoxin Candidalysin promotes alcohol-associated liver disease
10-10, doi: 10.1016/j.jhep.2019.09.029
【主编评语】酒精相关性肝病患者肠道中，白色念珠菌等念珠菌属真菌的比例显著增加，但其在疾病发生发展中的作用和机制尚不明确。白色念珠菌是肠道菌群中的一种机会致病菌，可分泌一种被称为ECE1的多聚蛋白毒素，ECE1中包含一种多肽——念珠菌素具有细胞溶解作用，可引起宿主上皮损伤。Journal of Hepatology近期发表的一项研究，通过分析临床样本和动物及细胞实验表明，白色念珠菌产生的念珠菌素可直接损伤肝细胞，从而加剧酒精诱导性肝病，在酒精性肝炎患者中，粪便中能检测出ECE1基因的患者有更高的死亡率。这些发现提示，念珠菌素或是治疗酒精性肝病的潜在靶点。（@mildbreeze）
香港中文大学：炎症性肠病中的肠道真菌（综述）
Alimentary Pharmacology and Therapeutics[IF:7.731]
① 肠道真菌变化与IBD相关：克罗恩病患者的粪便真菌总负荷（特别是念珠菌属及马拉色菌属物种）增加，溃疡性结肠炎患者的粪便真菌多样性降低；② 鉴定出多个与IBD患者真菌易感性增加相关的SNP，如克罗恩病患者的CARD-9多态性S12N促进限制性马拉色菌的定殖并恶化肠道炎症；③ 一些临床试验正在探索靶向白色念珠菌或荚膜组织胞浆菌的抗真菌疗法，及真菌益生菌治疗IBD的效果；④ 高碳水化合物饮食增加念珠菌属物种的丰度，高蛋白饮食则有相反作用。
Review article: fungal alterations in inflammatory bowel diseases
10-24, doi: 10.1111/apt.15523
【主编评语】越来越多的研究开始关注肠道真菌在IBD中的作用。Alimentary Pharmacology and Therapeutics发表了来自香港中文大学黄秀娟（Siew C Ng）团队的综述文章，详细介绍了IBD患者的肠道真菌变化、肠道真菌变化与IBD疾病进展的关联、抗真菌疗法在IBD治疗中的动物实验及临床试验、影响肠道真菌的饮食因素、IBD患者中的肠道真菌-细菌互作等。（@沈志勋）
Nature子刊：肝移植术后的多重耐药菌定植与肠道菌群失调的关系
Nature Communications[IF:11.878]
① 多重耐药菌（MDRB）感染是肝移植术后发病和死亡的主要原因；② 共招募177例肝移植治疗患者，采集术前至术后一年的723份粪便样本，进行菌群分析，探究肝病终末期的肠道失调与MDRB定植之间的关系；③ 考虑潜在肝病、抗生素使用、临床并发症等因素后，MDRB定植预示着菌群多样性降低；④ 鉴定出多个术前微生物标志物，可预测之后的MDRB定植情况；⑤ MDRB定植是全新的持续性肠道失调的重要标志物。
Colonizing multidrug-resistant bacteria and the longitudinal evolution of the intestinal microbiome after liver transplantation
10-17, doi: 10.1038/s41467-019-12633-4
【主编评语】肝移植术后，患者面临多重耐药菌（MDBR）感染风险。MDRB的定植与肝移植后肠道菌群失调之间，可能存在关联。Nature Communications近期发表的一项研究表明，肝移植术后的MDBR定植与患者菌群多样性降低有关，并鉴定出多个可预测术后MDBR定植情况的肠道菌标志物。这些发现提示，临床上或许应将肠道菌群多样性和失调的情况纳入考虑，来预测、减轻并最终预防移植手术后与MDBR相关的感染和不良结局。（@mildbreeze）
抗生素干预后，人体肠道菌株的恢复模式
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:6.333]
① 纳入30名健康青年，研究抗生素处理后特定肠道菌株恢复模式；② 单抗生素处理的18人中15人出现短暂性新菌株，三个月后恢复为原始菌株；③ 三联抗生素处理的12人全部发生永久或暂时的菌株变化，与单一抗生素和对照组相比，其新菌株增加显著，瞬时菌株比例更高，且更持久；④ 多数个体新菌株增殖是短暂的，最终被原始菌株替代，新菌株数量及菌群恢复能力存在明显个体差异；⑤ 确定抗生素处理后特定菌株的出现及菌群恢复模式，有助于维持长期健康。
Individualized recovery of gut microbial strains post antibiotics
10-11, doi: 10.1038/s41522-019-0103-8
【主编评语】健康成年人的肠道菌群对于抗生素扰动具有一定恢复性。NPJ Biofilms and Microbiomes近期发表的一项人体研究，通过多种分析技术，追踪分析了抗生素扰动人体肠道菌群后，新菌株的出现情况和稳定性。（@mildbreeze）
武汉大学：肠道菌群干预与人类健康（综述）
Medicinal Research Reviews[IF:9.791]
① 现代测序技术的发展和应用，得以证实肠道菌群是影响人类健康和疾病的一个主要因素；② 菌群失调可引起从消化至免疫、代谢、癌症甚至神经系统等多方面疾病；③ 特定菌种或菌株、细菌基因和菌群代谢产物（如短链脂肪酸）在某些疾病中起重要作用，并可作为疾病治疗的靶点；④ 基于肠道菌群的诊断和治疗（如环境和营养干预、粪菌移植、菌群靶向药物），或可促进精准医疗发展，⑤ 应共享菌群研究设计和数据分析标准方法，以助于研究间的结果比较。
Gut microbiome interventions in human health and diseases
04-17, doi: 10.1002/med.21584
【主编评语】肠道菌群是影响人类健康的一大因素。来自武汉大学的王连荣团队，在Medicinal Research Reviews发表了一篇综述，介绍了当下研究肠道菌群结构和功能的技术，肠道菌群与疾病的关系，及基于肠道菌群的诊断治疗手段。作者对以调节肠道菌群为靶点，来促进人类健康充满信心。（@flying dutchman）
牙周炎相关的伴放线放线杆菌，在口腔中如何“安家”
PNAS[IF:9.58]
① 在恒河猴的口腔中定殖4种不同的伴放线放线杆菌菌株，这些变体具有不同的产生白细胞毒素的能力（不产生、低产、野生型、高产）；② 高产白细胞毒素的伴放线放线杆菌菌株在恒河猴口腔中有着最高的定殖水平，可能与其更强的组织粘附能力相关；③ 伴放线放线杆菌与牙菌斑中的乳酸盐产生菌（纤毛菌属、链球菌属等）高度相关，提示乳酸盐可促进伴放线放线杆菌在口腔中的定殖。
Aggregatibacter actinomycetemcomitans colonization and persistence in a primate model
10-14, doi: 10.1073/pnas.1905238116
【主编评语】伴放线放线杆菌与侵袭性牙周炎相关。来自PNAS上发表的一项最新研究，利用恒河猴作为模式动物，在恒河猴的口腔中定殖伴放线放线杆菌，发现伴放线放线杆菌产生的白细胞毒素可能通过促进其与组织的粘附而增强其定殖能力，并且，伴放线放线杆菌的定殖受到口腔生物膜环境中乳酸盐水平的影响。（@沈志勋）
Nature子刊：土壤细菌真菌群落互作，共同维持生态系统功能稳定
Nature Communications[IF:11.878]
① 土壤微生物群落高度复杂，拥有地球上超过四分之一的生物多样性。但如此庞大和复杂的微生物群落对生态功能的影响仍然未知；② 作者对草地生态系统微生物群落的操控，观察到微生物群落组成和微生物互作网络积极响应生态系统的多种养分循环；③ 丰富度较低且互作网络较为简单微生物群落，导致生态功能简单且比较脆弱；④ 细菌真菌群落内互作以及细菌-真菌之间关系影响生态系统稳定。意味着土壤微生物群落多样性消失也会损害生态系统的功能。
Fungal-bacterial diversity and microbiome complexity predict ecosystem functioning
10-24, doi: 10.1038/s41467-019-12798-y
【主编评语】在生态环境中，单一微生物对某种生态功能的影响往往与其他微生物有着千丝万缕的关系，这些微生物可能辅助该功能微生物，也可能具有相同的的生态功能，这些功能冗余对于维持生态系统稳定性具有重要作用。从生态学角度来讲，土壤中细菌和真菌并不是单独存在的，面对如此高维的数据来寻找其与生态功能的关系，本文作者使用了网络分析。网络分析在微生物生态学领域愈演愈热，将微生物网络同生态功能相关联同时考虑土壤细菌和真菌群落之间的关系是本文的特色。这些乱七八糟的线条和点在本文作者手中却转化成了解析生态功能重要手段，对我们解析微生物群落和生态功能之间的关系提供了新的方向和手段。（@刘永鑫-中科院遗传发育所-宏基因组）
土地利用类型影响鸟类肠道菌群结构
ISME Journal[IF:9.493]
① 从初级和次级森林、多样化栽培和单一咖啡栽培农场，共24个采样点，收集6种野生鸟类粪便280个，分析肠道菌群结构；② 鸟类肠道菌群结构取决于生境类型和宿主种类；③ 土地利用变化引起植物和动物组成变化，或可通过改变鸟类饮食影响肠道菌群结构；④ 但生境类型只影响2种鸟类（灰土色大画眉、黄色莺）的菌群结构；⑤ 同种鸟类饮食具有共性，会接触到相似的微生物，鸟类物种比生境类型更易影响肠道菌群结构。
Land-use change has host-specific influences on avian gut microbiomes
10-17, doi: 10.1038/s41396-019-0535-4
【主编评语】人类对土地的开发利用，会影响野生动物的食物来源和环境微生物。最近对黑吼猴和稻蛙的研究表明，土地利用变化确实能通过改变食物来源影响肠道菌群结构。然而，这一效应是否在宿主物种中普遍存在，目前仍不清楚。ISME Journal发表的一项研究，从不同土地类型采集了6种野生鸟类的粪便，分析其菌群结构后发现，宿主种类和生境类型均能够影响肠道菌群结构，并且生境类型对不同寄主菌群的影响不同，提示一些鸟类物种及其肠道菌群可能比其他物种更容易受到人类干扰。（@nana）
感谢本期日报的创作者：王文东，沈志勋，爱的抉择，fang fang，this little piggy，刘永鑫-中科院遗传发育所-宏基因组，Echo Quasimodo
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