10月，最值得看的30篇肠道健康文献！
今天是第915期日报。
NEJM：饮酒如何伤肝，又该如何治疗（综述+一图读懂）
New England Journal of Medicine[IF:79.258]
① 饮酒可增加肝脏铁沉积、损伤肝细胞、改变肠道菌群组成、增加肠道通透性而引起肝脏炎症；② 饮酒可不同程度加重乙肝、丙肝、非酒精性脂肪肝和遗传性血色病等慢性肝病的症状；③ 对于酒精使用障碍（AUD）的肝病患者，临床目标是完全戒酒，但酗酒者戒酒后可能发生戒酒综合征，现有治疗药物可能恶化肝性脑病；④ 认知行为治疗及动机强化治疗可作为药物治疗的辅助，治疗AUD慢性肝病患者，肝脏移植也是一种有效的治疗手段。
Alcohol Use in Patients with Chronic Liver Disease
09-27 DOI: 10.1056/NEJMra1715733
Cell：碳水化合物吃多了会中毒！
Cell[IF:31.398]
① 过量摄取碳水化合物会导致糖毒性，诱发肥胖及其并发症，并促进衰老；② 糖毒性与糖基化终产物、过量果糖、人工甜味剂及高温烹饪有关；③ 零糖、低糖、慢消化糖类及生酮饮食有利于降低糖毒性；④ 服用抑制糖吸收、影响葡萄糖代谢与果糖生成的药物，可缓解糖毒性；⑤ 为健康个体及病人提供营养决策时，必须依据营养组学和标准化的科学手段，考虑年龄、个体差异、肠道菌群、宿主疾病和免疫状况，以及特殊人群对碳水化合物需求的差异。
Carbotoxicity—Noxious Effects of Carbohydrates
10-18 DOI: 10.1016/j.cell.2018.07.044
BMJ：低能量饮食的良好减重效果
British Medical Journal[IF:23.259]
① 纳入英国的278名肥胖成年人，138名进行低能量全饮食替代（TDR），140名进行普通护理，12个月后检测各指标；② TDR减重效果（-10.7kg）比普通护理（-3.1kg）更明显，调整后平均差值为-7.2kg，并可显著改善心血管和代谢风险标记物；③ TDR及普通护理组分别有45%和15%的参与者减重超过10%，以及11%和12%的参与者产生中度或更严重的不良反应；④ 在护士指导下进行体重管理+810 kcal/天的低能量全饮食替代方案有益于减重，并改善心血管疾病风险。
Doctor Referral of Overweight People to Low Energy total diet replacement Treatment (DROPLET): pragmatic randomised controlled trial
09-26 DOI: 10.1136/bmj.k3760
Nature Reviews：禁食用于癌症治疗，研究进展如何？
Nature Reviews Cancer[IF:42.784]
① 临床前研究表明，周期性禁食或模拟禁食饮食（FMD）可改变生长因子和代谢物水平，形成损害癌症细胞适应和生存能力的环境，从而促进癌症治疗的疗效；② 还能增强正常细胞对化疗的耐受性，促进正常组织再生，有助于减少癌症治疗的毒副作用；③ 单独应用时虽有潜在的癌症预防作用，但对已形成肿瘤的抑制效果有限，联合化放疗和免疫疗法等应有助于增强疗效、预防耐药性和减少副作用，初步临床证据支持其用于癌症患者的安全可行性。
Fasting and cancer: molecular mechanisms and clinical application
10-16 DOI: 10.1038/s41568-018-0061-0
提高饮食质量，或可延长大肠癌患者的生存期
Journal of Clinical Oncology[IF:26.303]
① 分析结直肠癌（CRC）患者诊断前（2671名）和诊断后（1321名）的饮食；② 诊断前后饮食的美国癌症协会营养指南（ACS）评分与全因死亡率和CRC特异性死亡率负相关；③ 诊断前西方饮食评分与全因死亡率正相关，诊断后防治高血压饮食（DASH）和细致饮食评分与全因死亡率和CRC特异性死亡率负相关；④ 提高诊断前饮食质量较低患者的DASH和细致饮食评分，与诊断前后的CRC特异性死亡率降低相关；⑤ 多吃植物食物，少吃动物产品，可延长CRC患者生存期。
Associations of Pre- and Postdiagnosis Diet Quality With Risk of Mortality Among Men and Women With Colorectal Cancer
10-19 DOI: 10.1200/JCO.18.00714
JAMA子刊：低脂饮食或增加乳腺癌患者的总体生存率
JAMA Oncology[IF:20.871]
① 48835名膳食脂肪摄入超过32%的、未患乳腺癌的绝经后女性随机分为两组，进行不同的饮食干预；② 40%参与者将脂肪摄入量减少到能量的20%并增加水果、蔬菜和谷物的摄入，60%参与者摄入日常饮食；③ 干预期间，1764名女性确诊为乳腺癌，总死亡人数为516人；④ 在因乳腺癌死亡的女性中，干预组的总体生存率显著高于对照组（10年生存率分别为82%及78%）；⑤ 在干预组中，乳腺癌、其他癌症和心血管疾病的死亡率更低。
Association of Low-Fat Dietary Pattern With Breast Cancer Overall Survival: A Secondary Analysis of the Women's Health Initiative Randomized Clinical Trial
10-01 DOI: 10.1001/jamaoncol.2018.1212
Lancet子刊：补充维生素D能改善骨骼健康吗？
The Lancet Diabetes and Endocrinology[IF:19.313]
① 纳入共53537名参与者的81项随机对照试验，对补充维生素D（VD）对肌肉骨骼健康的影响，进行荟萃分析；② 补充VD对全骨折、髋骨折和跌倒的发生率，以及不同部位的骨密度，都没有显著影响，且与补充剂量无关；③ 试验序贯分析显示，补充VD没有有意义的临床益处：无法使总骨折的相对风险降低5%，无法使跌倒的相对风险降低7.5%，无法使骨密度增加0.5-1%，且存在增加髋骨折风险的不确定性；④ 临床指南中不宜推荐补充VD以维持或改善肌肉骨骼健康。
Effects of vitamin D supplementation on musculoskeletal health: a systematic review, meta-analysis, and trial sequential analysis
10-04 DOI: 10.1016/S2213-8587(18)30265-1
JAMA子刊：警惕膳食补充剂中的非法物质
JAMA Network Open[IF:N/A]
① 2007-2016年，美国食品与药品管理局共通告776种、涉及146家公司的掺假膳食补充剂，警告其含有未经批准的药物成分；② 掺假产品多用于增强性能力、减肥或增加肌肉，分别占总数的45.5%、40.9%、11.9%，其中20.2%含有多种非法成分；③ 助性产品中的西地那非、减肥产品中的西布曲明和增肌产品中的类固醇类为常见非法成分；④ 一些掺假产品多次添加非法成分；⑤ 2014-2016年查获的303份掺假样品中，117份来源于网络销售，104份来自国际邮件托运。
Unapproved Pharmaceutical Ingredients Included in Dietary Supplements Associated With US Food and Drug Administration Warnings
10-12 DOI: 10.1001/jamanetworkopen.2018.3337
Cell子刊：真胖假胖？代谢组说了算
Cell Metabolism[IF:20.565]
① 纳入近2400名受试者，测量血液代谢组和全基因组测序，分析肥胖的代谢和遗传特征；② 肥胖导致代谢组的巨大变化，在检测的1007个代谢物中，近1/3与BMI的变化相关，用49个核心代谢物水平建模可预测肥胖状态；③ 模型预测与实际情况不符的“健康的胖子”和“代谢肥胖的瘦子”，有不同的健康结局和遗传风险；④ 与代谢组正常的人相比，同BMI但代谢组异常的个体，心血管事件风险可增加2-5倍；⑤ 代谢组比BMI和遗传风险更适合作为健康预测指标。
Profound Perturbation of the Metabolome in Obesity Is Associated with Health Risk
10-11 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.09.022
Nature：婴幼儿肠道菌群发育的3个阶段
Nature[IF:41.577]
① 分析903名儿童3-46月龄的粪便菌群组成，可分为10个聚类；② 早期肠道菌群发育包括3个阶段：发育期（3-14月）、过渡期（15-30月）和稳定期（≥31月），菌群组成和功能与多种因素相关；③ 母乳喂养对发育期菌群的影响最大，与双歧杆菌（尤其是两歧和短双歧杆菌）丰度较高相关，终止母乳导致以厚壁菌门增多为特征的菌群成熟；④ 拟杆菌属丰度在顺产婴儿中较高，与菌群多样性较高和成熟较快相关；⑤ 地理位置和家庭环境等也是影响菌群的重要因素。
Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study
10-24 DOI: 10.1038/s41586-018-0617-x
Nature：早发1型糖尿病的早期菌群特征
Nature[IF:41.577]
① 纳入783名有1型糖尿病（T1D）遗传风险的白人儿童，分析粪便宏基因组的纵向变化，并进行巢式病例对照分析；② 对照儿童菌群中，与细菌发酵和短链脂肪酸生物合成相关的基因含量更高，但未鉴定出具有普遍性的与胰岛自身免疫或 T1D显著相关的菌群成员；③ 婴儿肠道菌群发育呈现动态变化和个体差异，出生第一年内以双歧杆菌属（两歧/短/长双歧杆菌）或变形菌门为优势菌；④ 含有利用人乳寡糖基因的长双歧杆菌菌株，特异存在于母乳喂养婴儿中。
The human gut microbiome in early-onset type 1 diabetes from the TEDDY study
10-24 DOI: 10.1038/s41586-018-0620-2
Nature子刊：婴儿饮食和母体因素如何影响婴儿肠道菌群
Nature Medicine[IF:32.621]
① 分析60个婴儿0-8月龄期间402份粪菌宏基因组，鉴定肠道菌群组成和功能通路与饮食和母体等因素的关联；② 母乳喂养婴儿的菌群中氨基酸合成通路逐渐增加，与母乳成分随时间的变化一致；③ 配方奶粉中添加的益生元寡糖与特定菌群特征相关，但该特征不同于母乳喂养婴儿，提示奶粉配方仍需优化；④ 吃大豆奶粉与毛螺菌科和短链脂肪酸生成相关通路正相关，有潜在的菌群失调；⑤ 母亲孕期体重增长与菌群的碳水化合物降解和维生素合成通路的改变相关。
Infant diet and maternal gestational weight gain predict early metabolic maturation of gut microbiomes
10-29 DOI: 10.1038/s41591-018-0216-2
Science：肠道菌群的传递模式
Science[IF:41.058]
① 将来自两个地区的野生小鼠，在同一动物房内进行近交繁殖，对衍生出的17个近交小鼠品系的肠道菌群（5-11代）进行追踪分析；② 肠道菌群的传递方式以垂直传递为主，个体的菌群组成与其相应的野生小鼠祖先更相似；③ 但也存在菌群的水平传递，致使不同品系小鼠的肠道菌群组成随时间趋同；④ 不同肠道菌有不同的传递模式，与细菌的种系发生和氧耐受情况相关，大部分菌属倾向于垂直传递；⑤ 倾向于水平传递的菌属多为与感染和住院相关的致病菌。
Transmission modes of the mammalian gut microbiota
10-25 DOI: 10.1126/science.aat7164
Nature：肠道细菌调节果蝇运动行为
Nature[IF:41.577]
① 无菌或抗生素处理，导致果蝇运动行为过度活化，比有菌果蝇走得更多更快；② 给无菌果蝇单一定植共生菌短乳杆菌，可使上述行为异常恢复正常，短乳杆菌表达的木糖异构酶起关键介导作用；③ 木糖异构酶可调节果蝇糖代谢，降低海藻糖水平，从而降低生成神经递质章鱼胺（相当于去甲肾上腺素）的神经元活性，进而调节果蝇运动行为；④ 激活该神经元或补充章鱼胺，可消除木糖异构酶对果蝇行为的调节作用。
A gut microbial factor modulates locomotor behaviour in Drosophila
10-24 DOI: 10.1038/s41586-018-0634-9
Cell：与糖尿病相关的菌群代谢物，损伤胰岛素信号
Cell[IF:31.398]
① 丙酸咪唑（ImP）是肠道菌群产生的组氨酸衍生代谢物，在2型糖尿病（T2D）患者血液中的含量较高；② 在体外模拟发酵实验中， T2D患者粪菌发酵产生的ImP浓度更高；③ 鉴定出能生成ImP的42个菌株，其中67%的丰度在T2D患者中较高；④ 注射ImP可降低小鼠胰岛素受体（IRS）水平及其磷酸化水平，导致糖耐受损伤；⑤ ImP通过激活p38γ促进p62磷酸化，使mTORC1活化，影响IRS，导致胰岛素信号受损，T2D患者肝脏中p62和mTORC1活化水平上升。
Microbially Produced Imidazole Propionate Impairs Insulin Signaling through mTORC1
10-25 DOI: 10.1016/j.cell.2018.09.055
Cell子刊：基因表达和代谢的性别差异，依赖于菌群
Cell Metabolism[IF:20.565]
① 与有菌小鼠相比，无菌小鼠的肝脏、肠道和白色脂肪组织中，生物钟基因的整体表达变化不大；② 但肝脏中关键代谢过程相关基因的节律性表达和代谢组，都发生明显改变，性别差异变弱；③ 其原因与无菌小鼠性别发育（性激素水平等）和生长激素分泌模式的改变有关；④ 菌群衍生的代谢产物，经芳香烃受体和孕烷受体等异生物受体通路，影小鼠响性别发育；⑤ 无菌小鼠中促进生长激素分泌的胃饥饿素水平低，注射该激素可恢复基因表达和代谢的性别差异。
The Mouse Microbiome Is Required for Sex-Specific Diurnal Rhythms of Gene Expression and Metabolism
10-18 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.09.023
Nature子刊：肠道菌群促进小鼠肝脏的脂肪酸代谢
Nature Communications[IF:12.353]
① 分析对比无菌和SPF级别小鼠的肝脏转录组、蛋白组、磷酸化蛋白组，以及肝脏和血浆的脂质组；② 菌群通过硬脂酰-CoA去饱和酶1诱导单不饱和脂肪酸生成，并通过脂肪酸延长酶5诱导多不饱和脂肪酸延伸，导致甘油磷脂的酰基链谱显著改变；③ 菌群定植促进肝脏脂肪酸代谢，菌群相关的脂质谱可区分无菌和SPF小鼠，还能判断小鼠是否使用过抗生素；④ 肠道菌群降解膳食纤维产生的乙酸盐是肝脏合成长链脂肪酸（C16及C18）及其相关甘油磷脂的前体。
The gut microbiota promotes hepatic fatty acid desaturation and elongation in mice
09-14 DOI: 10.1038/s41467-018-05767-4
Nature子刊：住院病人发生血液感染，肠道可能是源头
Nature Medicine[IF:32.621]
① 开发一款生物信息学工具StrainSifter，可在菌株水平将血流感染（BSI）致病菌与潜在感染源进行精准匹配，用该方法比对30例造血细胞移植患者的BSI致病菌和粪便菌群；② 由大肠杆菌和肺炎克雷伯氏菌引起的BSI，可在患者感染前的肠道菌群中鉴定出一致的菌株，提示其感染源可能是肠道；③ 部分由典型非肠道致病菌引起的BSI，患者的肠道菌群中也可鉴定出一致的菌株；④ 这些发现对“环境或皮肤接触是住院患者BSI感染源”的认知提出挑战。
Precision identification of diverse bloodstream pathogens in the gut microbiome
10-15 DOI: 10.1038/s41591-018-0202-8
评估肠道菌群的“致病功能”
Microbiome[IF:9.133]
① 提出宿主菌群的“致病功能”概念：肠道菌群通过三个与非传染性疾病发展相关的代谢产物（三甲胺、次级胆汁酸和硫化氢）而引起疾病；② 利用公开的宏基因组和转录组学数据，在健康和疾病（心血管疾病、2型糖尿病、肥胖、结直肠癌、IBD、肝硬化等）状态下对菌群的这三种“致病功能”进行量化分析；③ 在不同疾病中，可鉴定出不同的携带“致病功能”的细菌丰度增加；④ 可基于“致病功能”对疾病风险进行评估，以靶向肠道菌群进行精准医疗。
Pathogenic functions of host microbiota
09-28 DOI: 10.1186/s40168-018-0542-0
Cell：可溶性膳食纤维+坏菌群，可引发小鼠肝癌！
Cell[IF:31.398]
① 长期吃富含可溶纤维的饲料（ICD），可使肠道菌群失调的T5KO等免疫缺陷小鼠发生胆汁淤积、肝脏炎症和黄疸型肝癌（HCC），而不可溶纤维无此作用；② ICD诱导的HCC依赖于肠道菌群，可通过菌群转移令野生型小鼠发病；③ 长期吃富含菊粉的高脂饲料，可使野生型小鼠发生菌群失调和HCC，增加T5KO小鼠HCC发病率，伴随肠道中纤维发酵菌和变形菌门增多；④ 抑制肠内发酵生成SCFA、削减发酵细菌、不吃可溶纤维，或抑制胆汁酸再吸收，可预防上述HCC。
Dysregulated Microbial Fermentation of Soluble Fiber Induces Cholestatic Liver Cancer
10-18 DOI: 10.1016/j.cell.2018.09.004
Nature：芽孢杆菌益生菌清除致病菌的机制
Nature[IF:41.577]
① 分析泰国农村的200个健康个体，发现肠内存在芽孢杆菌（主要是枯草芽孢杆菌）的人，肠道和鼻腔中没有金黄色葡萄球菌定殖；② 小鼠实验表明，金黄色葡萄球菌需要Agr群体感应系统来实现肠道定殖，芽孢杆菌产生的脂肽芬荠素，与Agr群体感应中的关键因子AIP有相似结构，可干扰Agr信号转导，从而抑制Agr群体感应；③ 给小鼠灌胃枯草芽孢杆菌孢子，可完全消除金黄色葡萄球菌的肠道定殖，而不产生芬荠素的枯草芽孢杆菌无此作用。
Pathogen elimination by probiotic Bacillus via signalling interference
10-10 DOI: 10.1038/s41586-018-0616-y
Science子刊：诱导调节性T细胞的益生菌活性分子
Science Immunology[IF:N/A]
① 体外筛选益生菌株库，鉴定出两歧双歧杆菌PRl1（Bb）有很强的诱导Foxp3+调节性T细胞（Treg）的能力；② 在无菌小鼠中单一定殖Bb，可诱导生成具有广泛T细胞受体特异性的Treg，可识别食物、共生菌和Bb自身的抗原；③ Bb细胞表面β-葡聚糖/半乳聚糖（CSGG）多糖，是Bb诱导Treg的关键活性成分，其机制主要依赖于表达TLR2的调节性树突细胞；④ Bb或CSGG诱导的Treg，可有效抑制小鼠的实验性结肠炎。
Cell surface polysaccharides of Bifidobacterium bifidum induce the generation of Foxp3+ regulatory T cells
10-19 DOI: 10.1126/sciimmunol.aat6975
Science子刊：抗生素可引起长期肠道免疫失调
Science Translational Medicine[IF:16.71]
① 口服抗生素可导致小鼠肠道巨噬细胞对脂多糖等菌群刺激的过度应答，生成过多炎性细胞因子；② 给抗生素处理的小鼠重新定植肠道菌群，可诱导结肠中由巨噬细胞介导的长期炎性Th1应答，削弱Th17和Th2应答，使相应的肠道感染易感性增加；③ 伴随持续的菌群组成改变和丁酸生成减少，补充丁酸可改变巨噬细胞代谢，增强其氧化磷酸化，并促进其向抗炎表型转化；④ 抗生素处理的同时补充丁酸，可预防抗生素引起的上述小鼠肠道免疫失调。
Antibiotics induce sustained dysregulation of intestinal T cell immunity by perturbing macrophage homeostasis
10-24 DOI: 10.1126/scitranslmed.aao4755
Nature子刊：健康成人的肠道菌群对抗生素扰动有较强的恢复力
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 12名健康成年男性短期服用混合广谱抗生素，分析肠道菌群的变化和恢复情况；② 菌群的初始变化包括粪肠球菌和具核梭杆菌等致病共生菌和毒力因子的富集、双歧杆菌和产丁酸菌的削减；③ 菌群组成可在1.5个月内恢复至接近干预前的水平，但难以完全复原，多个原有的共生菌种和菌株在6个月后仍检测不到；④ 不同抗生素耐药基因的丰度在干预后呈现差异性动态变化，ARG携带情况对恢复过程中细菌的定植和生存有不同影响。
Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure
10-22 DOI: 10.1038/s41564-018-0257-9
Science：保护人体菌群多样性刻不容缓
Science[IF:41.058]
① 随着工业化，代谢、免疫和认知方面的现代病越来越多，肠道菌群多样性的丧失是潜在原因；② 现代社会的饮食、环境和医疗等因素，可破坏菌群的代际传递，造成肠道细菌物种丢失；③ 减少抗生素滥用、限制不必要的剖腹产、促进母乳喂养、减少日用品中的抗菌剂、改变饮食等，可阻止菌群多样性下降；④ 但恢复菌群多样性仍有诸多挑战，由于个体差异可能不存在通用方法；⑤ 未经历工业化的人群拥有现存最大的菌群多样性，其菌群的收集和保留刻不容缓。
Preserving microbial diversity
10-05 DOI: 10.1126/science.aau8816
Nature Reviews：龋齿及牙周炎中的口腔菌群（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 牙齿表面的菌群互作受到宿主饮食、唾液功能、氟暴露及口腔卫生等环境因素的影响；② 饮食中的蔗糖为产酸菌提供底物，降低牙齿生物膜中的pH值，并促进厌氧微环境的形成，最终导致龋齿发生；③ 牙龈卟啉单胞菌等关键致病菌在格氏链球菌等其它致病菌的帮助下在口腔中定殖，引起先天性免疫反应及宿主炎症；④ 炎症通过增加龈沟液流量促进口腔菌群的失调，导致正常菌群的定殖受到抑制，同时，菌群失调也进一步恶化了炎症，最终发展出牙周炎。
The oral microbiota: dynamic communities and host interactions
10-09 DOI: 10.1038/s41579-018-0089-x
Nature子刊：菌群分析新手的可用工具
Nature Methods[IF:26.919]
① Qiita是一款开源、易用、快速的在线菌群对比分析平台；② 利用平台整合的QIIME2和GNPS等标准流程，可以分析自己的数据或结合数据库中的数据进行meta分析；③ Qiita对数据库收录采用严格的数据审核制，要求使用者上传最原始格式的数据，提供完整的研究及样品信息，确定数据分析时的参数，以保证能快速关联相似研究；④ Qiita能不断更新数据与注释结果，使之成为“活数据”；⑤ 截止目前，Qiita有来自世界各地超过46万份的样品、50TB的数据。
Qiita: rapid, web-enabled microbiome meta-analysis
10-01 DOI: 10.1038/s41592-018-0141-9
Nature子刊：新技术“读云”可获得高质量宏基因组序列
Nature Biotechnology[IF:35.724]
① 读云（read clouds）技术建库分为两步，先将宏基因组封装在大量含有一条或多条长DNA序列的微液滴中，再从这些子集构建带条码的短序列文库测序；② 配套的“雅典娜”组装算法则先结合条码对子集进行组装，然后在子集之上组装得到宏基因组序列；③ 通过对人粪便样本和海洋沉积物样本测序，评估了读云技术相较于长读长三代测序和短读长二代测序策略的优势；④ 发现读云在低丰度物种发现、宏基因组分箱、基因组完整性等各项指标上均明显占优。
High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds
10-15 DOI: 10.1038/nbt.4266
Cell：慢性便秘，可能是病毒感染损伤了肠道神经
Cell[IF:31.398]
① 以神经系统为靶的多种黄病毒，可感染小鼠肠道神经，导致肠神经细胞的急性损伤和死亡、肠道扩张、肠道运动变慢；② 黄病毒激活的CD8+ T细胞在肠道感染处浸润，促进上述疾病表型；③ 存活下来的小鼠发展出慢性肠道运动障碍，可持续数月，之后接种与黄病毒无关的病毒疫苗、暴露于非感染性炎症刺激物，均可恶化肠道运动障碍；④ 感染嗜神经病毒及其引发的免疫应答，可造成肠神经系统损伤，引起肠道蠕动障碍，或许是肠易激综合征等的潜在病因。
Intestinal Dysmotility Syndromes following Systemic Infection by Flaviviruses
10-04 DOI: 10.1016/j.cell.2018.08.069
Cell：又是单细胞水平！肠绒毛不同区域的细胞有不同功能
Cell[IF:31.398]
① 用激光捕获显微切割转录组测序，鉴定出小鼠肠绒毛不同区域的标志性基因，结合单个肠绒毛细胞的转录组数据，对单个肠细胞在绒毛轴上的定位进行空间重构；② 肠细胞功能沿绒毛轴存在多个分区，从绒毛底部向顶部移动的过程中，肠细胞经历一系列状态转变；③ 隐窝之上的绒毛底部是应答菌群的“抗微生物区”，之后肠细胞顺序性表达氨基酸、碳水化合物、多肽、脂肪的转运/吸收相关基因，绒毛顶端细胞表达以Cd73为特征的免疫调节基因。
Spatial Reconstruction of Single Enterocytes Uncovers Broad Zonation along the Intestinal Villus Axis
09-27 DOI: 10.1016/j.cell.2018.08.063
感谢本期日报的创作者：Echo，米见对，MAY DAY，Archie，this little piggy，mildbreeze，药农，Mona，沈志勋，Adam刘永鑫-中科院-宏基因组，小歪
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